商标侵权案件一般由侵权行为地或者被告住所地的市场监督管理部门（市监）处理。以下是对这一问题的详细分析：
侵权行为地原则：
- 根据《中华人民共和国商标法》及相关实施条例，商标侵权案件的处理通常遵循侵权行为地原则。这意味着，如果侵权行为（如生产、销售侵犯注册商标专用权的商品）发生在某个地区，那么该地区的市场监督管理部门就有权对该案件进行调查和处理。
- 侵权行为地包括侵权商品的生产地、销售地、储存地以及运输地等。市场监督管理部门在这些地点都有权对商标侵权行为进行查处。
被告住所地原则：
- 除了侵权行为地原则外，商标侵权案件也可以由被告住所地的市场监督管理部门处理。被告住所地通常指的是被告的注册地或主要经营地。
- 如果侵权行为的实施者（如生产商、销售商）的注册地或主要经营地位于某个地区，那么该地区的市场监督管理部门同样有权对该案件进行调查和处理。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，市场监督管理部门会根据案件的具体情况、证据的收集难度以及执法效率等因素，综合考虑选择由哪个地区的市场监督管理部门来处理案件。
- 如果侵权行为涉及多个地区，或者侵权行为的实施者与受害者位于不同地区，那么市场监督管理部门之间可能会进行协调，以确定最合适的处理机关。
法律建议：
- 如果您发现商标侵权行为，建议首先收集相关证据，如侵权商品的照片、销售记录、购买凭证等。
- 然后，您可以向侵权行为地或被告住所地的市场监督管理部门进行投诉或举报。市场监督管理部门在收到投诉或举报后，会依法进行调查和处理。
- 在处理过程中，如果您需要法律帮助或咨询，可以随时向我提问，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，商标侵权案件的处理机关主要取决于侵权行为地和被告住所地。在实际操作中，市场监督管理部门会根据案件的具体情况来选择最合适的处理机关。如果您遇到商标侵权问题，建议及时收集证据并向相关部门投诉或举报。