若国企纪检部门在调查过程中发现证据不确凿，应采取以下措施依法依规处理：

1. 补充调查取证
   根据《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》第三十四条，纪检部门在初步核实阶段发现证据不足时，应当继续补充调查，通过调取书证、物证、询问证人、委托鉴定等方式完善证据链。例如，若涉及财务问题，可要求被调查人提供完整账目或委托审计机构核查；若涉及行为类违纪，需通过多维度证人证言交叉印证。

2. 分类处置

   • 证据不足但存在合理怀疑：依据《中国共产党纪律处分条例》第五十五条，若现有证据无法证明违纪事实，但被调查人存在可疑行为或矛盾陈述，纪检部门可采取谈话提醒、批评教育等措施，同时记录在案并持续关注。
     
   • 证据严重不足且无违纪线索：根据《监察法实施条例》第六十二条，若调查后确认不存在违纪事实，应当及时了结，并书面通知被调查人及其所在单位，避免不当影响其权益。

3. 程序合规性审查
   纪检部门需严格遵循《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》规定的程序，包括调查方案审批、两人以上调查取证、证据合法性审查等。若程序存在瑕疵（如未履行审批手续、证据收集方式违法），可能导致证据无效，需重新启动调查程序。

4. 被调查人权利保障
   根据《监察法》第三十三条，被调查人有权申请回避、陈述申辩、提供证据。若纪检部门未依法保障上述权利，可能导致证据被排除或案件被撤销。例如，被调查人可要求对关键证据（如笔录）进行核对，或申请对物证进行重新鉴定。

5. 外部监督与救济

   • 向上级纪检部门申诉：若被调查人认为处理不当，可依据《中国共产党党员权利保障条例》第二十五条，向上级纪委或同级党委提出申诉，要求复核证据和程序。
     
   • 司法救济：若案件涉及刑事犯罪移送司法机关，但证据未达刑事诉讼标准（如“事实清楚、证据确实充分”），司法机关可依据《刑事诉讼法》第一百七十五条作出不起诉决定，纪检部门需据此调整党内处理意见。

实务建议：国企纪检部门在处理证据不确凿案件时，应坚持“以事实为依据、以纪律为准绳”原则，避免因证据不足导致处理失当。若需进一步分析具体案情或证据类型，可直接向我咨询。