结论：合同已到期的情况下，双方仍然可以签订补充协议，但需满足一定条件，即双方协商一致且内容合法。
详细分析：
补充协议的法律基础：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同到期后，并不意味着双方的权利义务关系完全终止，特别是当双方有意愿继续合作或对原合同有未尽事宜需要补充时。民法典中的意思自治原则允许合同双方按照自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。因此，合同到期后，双方有权通过协商签订补充协议来明确或修改原合同中的某些条款。
补充协议的性质与效力：
- 补充协议是对原合同的补充和完善，它构成了一份独立的合同，但同时又与原合同紧密相关。补充协议一旦签订，即对双方产生法律约束力，其法律效力与原合同相当。在补充协议与原合同内容有冲突时，通常以补充协议的内容为准。
签订补充协议的条件：
- 双方协商一致：这是补充协议成立的基础。双方必须就补充协议的内容达成一致意见，不能存在强迫或欺诈等情形。
- 内容合法：补充协议的内容必须符合法律法规的强制性规定，不得损害国家、集体或第三人的利益。例如，不能通过补充协议来规避税收、逃避债务等。
- 书面形式：虽然法律并未明确规定补充协议必须采用书面形式，但为了增强其法律证明力，避免后续争议，建议将补充协议以书面形式记录，并由双方签字或盖章确认。
实际操作中的注意事项：
- 审查原合同：在签订补充协议前，双方应仔细审查原合同的相关条款，特别是关于合同到期后的处理方式。如果原合同有自动终止或不再续签等约定，双方需先解除或变更这些条款。
- 明确补充事项：补充协议应明确具体补充哪些事项，避免模糊表述导致后续争议。例如，可以明确补充协议是针对原合同中的某个具体条款进行修改或补充。
- 咨询专业律师：虽然在此我作为廖宏浩律师已经给出了专业的解答，但在实际操作中，如果涉及复杂的法律问题或金额较大的交易，建议双方还是咨询专业律师对补充协议进行审查，以确保其符合法律法规要求，并最大程度地保护双方的合法权益。
实例说明：
假设甲乙双方签订了一份为期一年的租赁合同，合同到期后，双方均有意继续租赁关系，但对租金、租赁期限等条款有新的约定。此时，双方可以签订一份补充协议，明确新的租金标准、租赁期限等事项。这份补充协议即是对原租赁合同的补充和完善，具有法律效力。
综上所述，合同已到期的情况下，双方仍然可以签订补充协议，但需满足双方协商一致且内容合法的条件。在实际操作中，双方应仔细审查原合同、明确补充事项，并考虑咨询专业律师以确保补充协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。