结论：事业单位扣除“探偶费”（这里假设您指的是与探亲假相关的费用，但通常法律上并无“探偶费”这一明确概念，我们理解为与探亲相关的费用扣除情况）是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若扣除费用无法律依据或违反相关规定，则不合法。以下从不同角度进行分析：
一、探亲假及相关费用的法律规定
探亲假的法律依据：
- 根据《国务院关于职工探亲待遇的规定》，职工享有探亲假，且探亲假期间工资照发，往返路费由单位负担（未婚职工探望父母，已婚职工探望配偶或父母，具体根据规定执行）。
费用扣除的合法性：
- 法律并未规定事业单位可以扣除与探亲假相关的任何费用，如“探偶费”。若事业单位以“探偶费”等名义扣除职工工资或福利，且无法提供合法依据，则这种扣除行为可能不合法。
二、可能涉及的违法情形
无故扣除工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位不得无故扣除劳动者工资。若事业单位以“探偶费”为由扣除职工工资，且该费用并非职工应承担的合法费用（如因个人原因造成的损失等），则可能构成无故扣除工资，违反法律规定。
违反探亲假规定：
- 若事业单位在职工享受探亲假期间，以“探偶费”等名义要求职工承担额外费用，或降低职工工资待遇，可能违反探亲假的相关规定，损害职工的合法权益。
三、职工的维权途径
与单位协商：
- 职工首先可以尝试与事业单位进行协商，了解扣除费用的具体原因和依据，并要求单位提供合法证明。若单位无法提供合法依据，职工可以要求单位停止扣除费用并补发被扣除的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，职工可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对事业单位的违法行为进行调查和处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行处罚，并要求用人单位改正。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若职工对劳动监察部门的处理结果不满意，或事业单位拒绝改正违法行为，职工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
四、特殊情况说明
- 若“探偶费”实际上是指职工因探亲而产生的某些合理费用（如交通费、住宿费等），且这些费用在单位规章制度中有明确规定由职工承担，且该规章制度经过民主程序制定并公示，那么职工可能需要承担这些费用。但即便如此，单位也不能以“探偶费”等模糊名义随意扣除职工工资或福利。
建议：若您遇到事业单位扣除“探偶费”的情况，且认为该扣除行为不合法，建议您先与单位进行协商，了解具体情况和依据。若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。