民事主体间房屋拆迁补偿合同纠纷的管辖问题，主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定来确定管辖法院。以下是对该问题的详细分析：
一、一般管辖原则
被告住所地管辖：
- 根据《民事诉讼法》的一般原则，民事诉讼通常由被告住所地人民法院管辖。在房屋拆迁补偿合同纠纷中，如果拆迁方（被告）的住所地明确，且纠纷不涉及不动产的专属管辖，那么被拆迁方（原告）可以向被告住所地的人民法院提起诉讼。
合同履行地管辖：
- 合同纠纷也可以由合同履行地人民法院管辖。在房屋拆迁补偿合同中，合同履行地通常指的是拆迁行为发生地或补偿款支付地。如果拆迁行为发生地或补偿款支付地与被告住所地不一致，被拆迁方也可以选择向合同履行地的人民法院提起诉讼。
二、特殊管辖原则——不动产专属管辖
- 不动产所在地管辖：
- 根据《民事诉讼法》第三十四条的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。在房屋拆迁补偿合同纠纷中，如果纠纷涉及不动产（如被拆迁的房屋或安置房屋）的权属、交付、质量等问题，那么该纠纷应由不动产所在地的人民法院专属管辖。
- 举例说明：若被拆迁房屋位于A市B区，而拆迁方（被告）的住所地位于A市C区，当纠纷涉及不动产的权属或交付时，被拆迁方应向A市B区人民法院提起诉讼，而非A市C区人民法院。
三、管辖权异议与处理
管辖权异议的提出：
- 如果被告认为受理案件的人民法院没有管辖权，可以在提交答辩状期间提出管辖权异议。人民法院将审查异议是否成立，并作出相应的裁定。
管辖权异议的处理：
- 如果管辖权异议成立，人民法院将裁定将案件移送有管辖权的人民法院审理。如果管辖权异议不成立，人民法院将裁定驳回异议，并继续审理案件。
四、实务建议
明确管辖法院：
- 在签订房屋拆迁补偿合同时，双方可以明确约定管辖法院，以避免后续因管辖问题产生争议。但需注意，约定的管辖法院不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
保留相关证据：
- 在发生纠纷时，被拆迁方应保留好与拆迁补偿相关的所有证据，如合同文本、付款记录、沟通记录、评估报告等。这些证据将有助于确定管辖法院和证明自己的主张。
及时咨询专业律师：
- 房屋拆迁补偿合同纠纷涉及复杂的法律问题和程序规定，被拆迁方在遇到此类纠纷时，应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
总结来说，民事主体间房屋拆迁补偿合同纠纷的管辖问题，主要依据《民事诉讼法》的一般原则和特殊原则来确定。在实务中，双方应明确约定管辖法院（如可能），并保留好相关证据。如遇纠纷，应及时咨询专业律师以获取帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。