公司发现员工索要回扣信息线索后，应立即启动内部调查程序，并根据调查结果依法依规处理，包括但不限于解除劳动合同、追究法律责任及完善内部管理机制。具体处理步骤及法律依据如下：

1. 初步核实线索真实性
   公司需对获取的回扣线索进行初步核实，例如通过监控录像、邮件往来、聊天记录、财务凭证等证据固定事实。若线索涉及第三方（如供应商），可要求其配合提供书面说明或交易记录。
   法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》第六条，公司需承担举证责任，因此证据收集是关键。

2. 启动内部调查程序
   成立由法务、审计、人力资源等部门组成的专项调查组，确保调查过程合法合规。调查内容包括：

   • 回扣金额、频率及涉及交易；
     
   • 员工是否利用职务便利为他人谋取利益；
     
   • 是否存在其他员工参与或知情不报。
     注意：调查期间应避免泄露信息，防止员工销毁证据或串供。

3. 根据调查结果分类处理

   • 情节轻微（如未实际收取回扣）：可依据公司规章制度给予警告、降薪或调岗等处分，并要求员工书面承诺不再犯。
     
   • 情节严重（如已收取回扣或造成公司损失）：
     
     1. 解除劳动合同：根据《劳动合同法》第三十九条，员工严重违反公司规章制度或损害公司利益的，公司可单方解除合同且无需支付补偿金。
        
     2. 追偿损失：若公司因员工行为遭受经济损失（如多支付货款），可依据《民法典》第一千一百六十五条要求员工赔偿。
        
     3. 移送司法机关：若回扣金额较大（通常指6万元以上），可能涉嫌非国家工作人员受贿罪（《刑法》第一百六十三条），公司应向公安机关报案。

4. 完善内部管理机制

   • 修订《员工手册》或《反商业贿赂政策》，明确禁止索要、收受回扣，并规定相应处罚措施；
     
   • 加强对供应商的管理，例如签订《廉洁合作协议》、定期审计交易记录；
     
   • 开展合规培训，提高员工法律意识。

5. 法律风险防范

   • 处理过程中避免侵犯员工隐私权（如非法搜查、窃听）；
     
   • 解除劳动合同前需通知工会（如有），并确保程序符合《劳动合同法》第四十三条；
     
   • 若员工提起劳动仲裁，公司需准备充分证据（如调查报告、证人证言、财务凭证等）。

建议：公司可委托律师全程参与调查及处理，以确保程序合法、证据充分，并降低后续法律风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。