结论：单独补100元工资直接扣3元个税是否合法，不能一概而论，需结合具体税率及应纳税所得额来判断。

分析：

1. 个税计算的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税的计算是基于应纳税所得额，而非单一的工资数额。应纳税所得额是工资收入减去各项扣除（如基本减除费用、专项扣除、专项附加扣除等）后的余额。
   • 个税的税率是累进的，即收入越高，适用的税率也越高。因此，不能简单地根据工资数额来判断应扣多少个税。

2. 关于补发工资的个税处理：

   • 补发工资通常会被视为当月的收入，与当月其他工资收入合并计算应纳税所得额。
   • 如果补发工资后，当月的应纳税所得额仍然较低，可能适用较低的税率，甚至可能不需要缴纳个税。
   • 如果补发工资导致当月的应纳税所得额增加，那么应缴纳的个税也会相应增加。

3. 具体到本题的情况：

   • 假设这100元是补发的工资，且当月没有其他工资收入或扣除项，那么应纳税所得额就是100元。
   • 根据现行的个税税率表，100元应纳税所得额可能适用最低的税率（如3%或更低，具体取决于是否有基本减除费用等扣除项）。但直接扣3元个税，意味着税率达到了3%，这通常是在没有考虑基本减除费用等扣除项的情况下计算的，或者该100元是与其他收入合并后计算得出的税额的一部分。
   • 如果仅就这100元而言，且不考虑其他扣除项，直接扣3元个税在税率上可能是合理的（如按3%税率计算），但实际操作中，由于个税计算涉及多个因素，因此不能仅凭这一数额就判断其完全合法。更准确的做法是查看当月的工资单或个税申报记录，确认应纳税所得额和适用的税率。

4. 可能的法律后果：

   • 如果雇主在计算个税时存在错误，如多扣或少扣了个税，员工有权要求雇主进行更正。
   • 如果雇主故意多扣个税以谋取私利，员工可以向税务部门举报，并要求雇主承担相应的法律责任。

建议：

• 如果你对个税的计算有疑问，建议查看当月的工资单或个税申报记录，确认应纳税所得额和适用的税率。
• 如果发现雇主在计算个税时存在错误或不当行为，可以与雇主沟通协商，要求其进行更正。
• 如果沟通无果，可以向当地的税务部门或劳动监察部门投诉举报。

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