结论：甲方代付农民工工资后需扣乙方三倍赔偿款这一做法，在一般情况下是不合理的，但具体是否合理还需根据双方合同约定及实际情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、从合同约定角度分析
合同有明确约定：
- 如果甲乙双方在合同中明确约定了，在乙方未按时支付农民工工资的情况下，甲方有权代付，并且代付后有权从乙方的款项中扣除相应金额，甚至约定了扣除三倍赔偿款的条款，那么这一做法在合同层面是有依据的。
- 但需要注意的是，合同中的条款必须合法合规，不能违反法律法规的强制性规定。如果扣除三倍赔偿款的约定显失公平或违反法律法规，该条款可能被认定为无效。
合同无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定甲方代付后有权扣除乙方三倍赔偿款，那么甲方单方面扣除这一款项就缺乏合同依据，可能构成违约或侵权。
二、从法律法规角度分析
《劳动法》及《劳动合同法》相关规定：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位（乙方）应当按时足额支付劳动者的工资。如果乙方未按时支付工资，劳动者有权向劳动行政部门投诉，劳动行政部门也有权责令乙方支付工资，并可能加付赔偿金。
- 但这些法律法规并未规定，在第三方（甲方）代付工资后，有权从乙方处扣除三倍赔偿款。
《民法典》中关于违约责任的规定：
- 根据《民法典》的相关规定，如果乙方未履行合同义务（如未按时支付工资），应当承担违约责任。但违约责任的承担方式应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 扣除三倍赔偿款可能被视为过高的违约金，如果乙方认为这一约定显失公平，有权向法院或仲裁机构请求调整。
三、从实际操作角度分析
合理性考量：
- 扣除三倍赔偿款可能对乙方造成较大的经济负担，甚至影响其正常经营。因此，在设定违约责任时，应当充分考虑乙方的承受能力，确保违约责任的合理性。
- 如果甲方代付工资是出于善意和紧急情况，且扣除三倍赔偿款并非必要手段，那么这一做法可能缺乏合理性。
建议措施：
- 如果甲乙双方希望避免此类纠纷，可以在合同中明确约定代付工资的条件、方式以及违约责任的承担方式。
- 在发生纠纷时，双方可以首先通过协商解决；协商不成的，可以寻求法律途径解决，如向法院起诉或向仲裁机构申请仲裁。
总结与建议：甲方代付农民工工资后需扣乙方三倍赔偿款这一做法，在一般情况下是不合理的。具体是否合理还需根据双方合同约定及实际情况来判断。如果双方对此有争议，建议首先查阅合同条款，了解双方的权利和义务；如果合同条款不明确或存在争议，可以寻求法律途径解决。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。