针对您提出的“摩托车被扣没有发票合格证怎么处理”的问题，虽然提供的参考信息主要是关于电动自行车上牌的容缺办理政策，但我们可以从中借鉴一些处理思路，并结合摩托车管理的实际情况来给出建议。不过，需要注意的是，不同地区的具体政策可能有所不同，以下解答基于一般性的处理原则和流程。

一、了解当地政策

首先，您需要了解当地交通管理部门对于摩托车被扣且缺失发票、合格证的具体处理政策。有些地区可能针对此类情况有专门的容缺办理机制，允许车主通过签署声明书、提供其他相关证明材料等方式来补办手续。

二、准备替代材料

如果当地政策允许容缺办理，您可能需要准备以下替代材料：

1. 身份证明：车主本人的身份证或其他有效身份证明文件。
2. 购车证明：如果缺失购车发票，可以尝试联系销售商获取购车收据或销售记录，并加盖销售商公章作为证明。如果销售商已无法联系或无法提供，可能需要车主本人签署一份声明书，说明购车情况并承诺所提供信息的真实性。
3. 车辆合格证明：如果缺失车辆合格证，同样可以尝试联系销售商或生产厂家获取相关证明。如果无法获取，可能需要车主本人签署声明书，并可能需要提供车辆的其他技术参数或照片等作为辅助证明。

三、前往交通管理部门办理

备齐上述材料后，您需要前往当地交通管理部门（如交警大队、车管所等）进行办理。在办理过程中，您可能需要：

1. 填写申请表：根据当地要求填写相关的申请表或声明书。
2. 提交材料：将准备好的身份证明、购车证明、车辆合格证明（或替代材料）等提交给工作人员。
3. 接受审核：工作人员会对您的材料进行审核，并可能要求您提供额外的信息或证明。
4. 缴纳费用：如果审核通过，您可能需要缴纳相关的罚款、工本费等费用。
5. 领取证件：完成上述步骤后，您可以领取被扣的摩托车及相关证件（如行驶证、号牌等）。

四、注意事项

1. 及时办理：一旦发现摩托车被扣且缺失发票、合格证，应尽快前往交通管理部门办理相关手续，以免产生额外的滞纳金或影响车辆的正常使用。
2. 保持沟通：在办理过程中，与交通管理部门的工作人员保持沟通，了解办理进度和可能遇到的问题，以便及时解决。
3. 遵守规定：在办理过程中，应严格遵守当地交通管理部门的规定和要求，确保提供的材料真实有效，避免因提供虚假材料而承担法律责任。

希望以上解答能对您有所帮助。如果仍有疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地交通管理部门或相关法律服务机构。