结论：非机动车没有车架号、合格证的情况下，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险合同条款约定、事故责任认定及非机动车是否符合法定上路条件。以下是具体分析：

1. 保险合同条款的约定是核心依据
   商业保险合同中通常会明确约定“保险标的需符合国家相关标准”，若非机动车因缺失车架号、合格证导致无法证明其合法性（如属于拼装车、改装车或盗抢车辆），保险公司可能依据《保险法》第17条主张“免责条款生效”，拒绝赔偿。
   例外情形：若保险合同未明确将“缺失车架号/合格证”列为免责事由，或投保时保险公司未尽到提示说明义务，则免责条款可能被认定无效，保险公司仍需赔偿。

2. 非机动车的合法性影响赔偿
   根据《道路交通安全法》第18条，非机动车需经公安机关交通管理部门登记后方可上路。若车辆因缺失车架号、合格证无法登记，可能被认定为“非法上路”，此时：

   • 若事故责任完全在第三方（如机动车全责），保险公司可能仍需在交强险范围内赔偿，但商业险可能拒赔；
     
   • 若非机动车方存在过错（如逆行、闯红灯），保险公司可能以“车辆非法”为由主张减轻或免除赔偿责任。

3. 事故责任与因果关系是关键
   即使车辆缺失车架号、合格证，若事故发生与车辆合法性无直接因果关系（如被其他车辆撞击导致受伤），保险公司仍需赔偿。但若缺失证件导致车辆性能不合格（如刹车失灵），且该缺陷与事故有关，保险公司可能拒赔。

建议：

1. 立即联系保险公司，要求其出具书面拒赔通知，并明确拒赔依据；
   
2. 检查保险合同条款，确认是否包含相关免责内容；
   
3. 若车辆合法性存疑，尽快向公安机关补办登记或证明车辆来源合法；
   
4. 协商无果时，可向当地银保监会投诉或通过诉讼解决。
   

如有进一步细节（如保险类型、事故责任认定等），可直接向我咨询，我会结合具体情形为您分析。