结论：未申请合格标志上路行驶，发生交通事故后保险公司是否理赔，需分情况讨论，主要取决于保险条款约定及事故具体情形，通常交强险可能先赔但保留追偿权，商业险大概率拒赔。

1. 交强险的赔付规则

根据《机动车交通事故责任强制保险条例》及保险条款，交强险的赔付以“无过错责任”为原则，即只要被保险机动车发生道路交通事故造成损害，保险公司就应在责任限额内赔偿，但存在法定免责情形。
若车辆未申请合格标志（如未年检、未取得检验合格证）上路行驶，属于“未按规定检验或检验不合格”的情形。此时：

• 交强险可能先赔：保险公司通常会在交强险范围内先行赔付第三方人身伤亡或财产损失（医疗费、死亡伤残赔偿、财产损失等），但赔付后会保留向车主追偿的权利。
  
• 追偿依据：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条，若车辆未按规定检验导致事故，保险公司赔付后有权向致害人（车主）追偿，即车主最终需自行承担赔偿责任。

2. 商业险的赔付规则

商业险（如车损险、第三者责任险）的赔付以“合同约定”为准，保险条款中通常明确将“未按规定检验或检验不合格”列为免责情形。

• 大概率拒赔：若车辆未申请合格标志上路行驶，发生事故后，保险公司会以“车辆未年检/未取得合格标志，违反保险合同约定”为由拒绝赔付商业险部分（包括车损、第三者责任等）。
  
• 例外情形：若车主能证明事故与车辆未年检无直接因果关系（如事故由第三方全责导致，或车辆未年检但实际性能合格），可能通过诉讼争取部分赔付，但实践中难度较大。

3. 关键提醒

• 年检的重要性：车辆未年检或未取得合格标志上路，不仅可能影响保险理赔，还可能面临交警处罚（如扣车、罚款、扣分）。
  
• 及时补检：若车辆因未年检被拒赔，可尽快补办年检手续，但补检后保险公司仍可能以“事故发生时车辆未年检”为由拒赔。
  
• 保留证据：若对保险公司拒赔有异议，可收集事故认定书、车辆性能检测报告等证据，通过诉讼或协商争取权益。

建议：若您的车辆未申请合格标志上路发生事故，可先联系保险公司确认理赔流程，同时咨询专业律师评估事故责任与保险条款的关联性，避免因操作不当导致权益受损。如有进一步问题，可直接向我咨询。