在基本农田上建设食用菌大棚，其合法性主要取决于是否满足了一系列法律、规划和政策要求。以下是对此问题的全面分析：

1. 合法性前提：

   • 符合土地利用规划：建设食用菌大棚需与当地的土地利用规划相一致，不能随意改变土地的农业用途。若涉及永久基本农田，应确保不破坏耕作层或按规定补划。
   • 经过相关部门批准：经营者应与农村集体经济组织签订用地协议，并履行备案手续。备案需向乡镇政府提交，并由其汇总后汇交至县级自然资源主管部门和农业农村主管部门。

2. 合法性要素：

   • 不破坏耕地：大棚建设应避免对耕地造成不可逆的损害，特别是耕作层。若因位置关系难以避让永久基本农田，需确保补划措施到位，以维持基本农田的生产能力。
   • 遵循设施农用地管理规定：大棚作为设施农业用地，需遵守使用年限、备案手续等具体要求。不得擅自改变大棚的农业用途，如将其转为住宅、工厂或商业设施。

3. 违法情形及后果：

   • 改变土地用途：若以建设食用菌大棚为名，实际用于非农业活动，如居住、工业生产等，将构成“大棚房”问题，属于严重违法。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关司法解释，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，将依法追究刑事责任。
   • 破坏耕地质量：建设过程中若导致土壤质量下降、生态环境破坏，将受到法律制裁，包括罚款、恢复土地原状等。
   • 未履行审批和备案手续：未与农村集体经济组织签订用地协议或未向乡镇政府备案，视为违法用地行为，可能面临行政处罚。

4. 实际操作建议：

   • 详细咨询：在进行基本农田上的食用菌大棚建设前，建议详细咨询当地自然资源主管部门和农业农村主管部门，了解具体的土地利用规划和政策要求。
   • 确保手续齐全：确保所有审批和备案手续齐全，包括与农村集体经济组织签订用地协议、向乡镇政府备案等，以避免后续的法律风险。
   • 严格遵守规定：严格遵守设施农用地管理的各项规定，确保大棚建设的合法性和可持续性，避免对基本农田造成不可逆的损害。

总结来说，在基本农田上建设食用菌大棚本身并不违法，但前提是必须遵守相关法律法规，不得改变土地性质或破坏耕作层，且需经过相关部门的批准和备案。为确保建设活动的合法性，建议在决定建设前进行充分的法律咨询和准备。若你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。