车队司机合作协议中交保证金的管理部门，并非由某一特定政府部门直接管辖，而是主要取决于协议双方（车队与司机）的约定以及保证金的实际性质与用途。以下从不同角度为您详细分析：
协议双方约定优先：
- 在车队司机合作协议中，关于保证金的缴纳、管理、退还等条款，首先应遵循协议双方的约定。如果协议中明确规定了保证金的管理部门（如车队财务部门、第三方托管机构等），则应按照协议约定执行。
保证金性质与用途决定管理部门：
- 如果保证金是作为履约保证：即确保司机按照协议约定履行义务（如按时出车、遵守交通规则等），那么保证金的管理可能更多地与车队的内部管理相关。车队可能会设立专门的账户或指定专人负责保证金的管理，并在司机违约时根据协议约定扣除相应金额。
- 如果保证金涉及第三方利益：如保证金用于保障乘客安全、车辆损坏赔偿等，且协议中约定了第三方（如保险公司、托管机构等）参与保证金的管理，那么保证金的管理部门将是该第三方机构。
法律法规的间接影响：
- 虽然保证金的管理部门不直接由法律法规规定，但法律法规对保证金的相关条款（如保证金的缴纳比例、退还条件等）可能产生间接影响。例如，如果法律法规对保证金有明确的上限或下限规定，那么协议中的保证金条款必须遵守这些规定。
- 此外，如果保证金的管理涉及违法违规行为（如挪用保证金、非法集资等），那么相关责任人将可能面临法律制裁，此时政府部门（如公安机关、市场监管部门等）将介入调查和处理。
实际操作中的建议：
- 明确协议条款：在签订车队司机合作协议时，双方应明确保证金的缴纳、管理、退还等条款，避免模糊不清导致后续纠纷。
- 选择可靠的管理部门：如果保证金需要由第三方机构管理，车队和司机应共同选择信誉良好、资质齐全的机构进行托管。
- 保留相关证据：双方应妥善保管与保证金相关的证据（如转账记录、收据、协议文本等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
总结来说，车队司机合作协议中交保证金的管理部门并非固定不变，而是取决于协议双方的约定以及保证金的实际性质与用途。在签订协议时，双方应明确相关条款，并选择可靠的管理部门进行托管。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。