单位对于员工出差时虚开住宿发票违反公司纪律的行为，通常会根据情节轻重、公司规章制度以及相关法律法规进行严肃处理，具体处理方式可能包括以下几种：

1. 纪律处分：

   • 口头警告或书面警告：对于初次违规且情节较轻的员工，单位可能会给予口头或书面警告，提醒其严格遵守公司财务制度和相关法律法规。
   • 记过或降级：若员工虚开发票行为较为严重，或多次违规，单位可能会根据内部规章制度给予记过、降级等纪律处分，这些处分将记录在员工个人档案中，影响其未来的职业发展。
   • 解除劳动合同：对于严重违反公司纪律，如虚开发票金额较大、情节恶劣或造成重大损失的员工，单位有权依据《劳动合同法》等相关法律法规，与其解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

2. 经济处罚：

   • 追回虚报费用：单位有权要求员工退还因虚开发票而获得的额外报销款项，确保公司财务不受损失。
   • 罚款：根据单位内部规章制度，还可能对违规员工处以一定金额的罚款，以示惩戒。

3. 法律追究：

   • 刑事责任：若虚开发票行为涉嫌犯罪，如构成虚开发票罪或逃税罪等，单位将依法向公安机关报案，由司法机关追究员工的刑事责任。
   • 民事赔偿：若因员工虚开发票行为给公司造成经济损失的，公司还有权要求员工承担民事赔偿责任，赔偿公司因此遭受的全部损失。

4. 内部通报与教育：

   • 内部通报：为警示其他员工，单位可能会在内部发布通报，详细说明违规事实、处理结果及教训，以儆效尤。
   • 培训与教育：针对此类违规行为，单位还可能组织相关培训和教育活动，提高员工的法律意识和合规意识，防止类似事件再次发生。

建议：作为员工，应严格遵守公司财务制度和相关法律法规，诚实守信地履行工作职责。若遇到相关法律问题或困惑，可直接向我咨询，我将为你提供专业、详细的法律解答。