在被告人不知情的情况下进行鉴定，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从几个关键角度进行分析：
鉴定程序的启动与通知：
- 在刑事诉讼中，鉴定通常是由侦查机关、检察机关或审判机关根据案件需要启动的。根据法律规定，进行鉴定时，应当通知犯罪嫌疑人、被告人到场（在可能的情况下），以确保其知情权并有机会对鉴定过程提出异议或补充材料。然而，这并不意味着在所有情况下都必须事先明确告知被告人鉴定事宜，特别是在紧急或特殊情况下，如被告人逃避侦查、起诉或审判，或者鉴定涉及国家秘密、个人隐私等。
- 若鉴定程序启动时未通知被告人，但事后通过合法途径（如送达鉴定意见副本）让被告人知晓并有机会提出异议，该鉴定仍可能被视为合法。关键在于被告人是否最终获得了对鉴定意见进行质证和反驳的机会。
被告人的知情权与参与权：
- 被告人有权知晓对其不利的证据，包括鉴定意见。这是保障被告人辩护权的重要一环。如果鉴定是在被告人完全不知情的情况下进行的，且事后也未给予其质证的机会，那么该鉴定可能因侵犯被告人的知情权而面临合法性挑战。
- 然而，如果鉴定是在紧急情况下进行，且事后及时通知了被告人，并给予了其充分的质证机会，那么该鉴定通常会被视为合法。
鉴定意见的采纳与审查：
- 即使鉴定是在被告人不知情的情况下进行的，只要鉴定程序本身符合法律规定，鉴定人具备相应资质，鉴定方法科学可靠，且鉴定意见与案件事实具有关联性，该鉴定意见仍有可能被法庭采纳。
- 但法庭在采纳鉴定意见时，会特别关注鉴定程序的合法性以及被告人是否获得了充分的质证机会。如果法庭认为鉴定程序存在瑕疵或侵犯了被告人的权利，可能会排除该鉴定意见或要求重新鉴定。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如被告人逃匿或无法联系，鉴定可能不得不在其不知情的情况下进行。此时，法庭会根据案件具体情况和法律规定，综合判断鉴定意见的合法性和可采纳性。
建议：
- 如果您作为被告人或其家属，发现鉴定是在不知情的情况下进行的，应立即向办案机关提出异议，并要求查阅鉴定意见和相关材料。
- 同时，您可以咨询专业律师（如我，李肖峰律师，专注于刑事辩护等领域），以获取更具体的法律建议和帮助。律师将根据您的具体情况，分析鉴定程序的合法性，并为您制定相应的辩护策略。
总结：被告人不知情的情况下进行鉴定，其合法性并非绝对，而是取决于鉴定程序的启动、通知、被告人的知情权与参与权、鉴定意见的采纳与审查等多个因素。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。