招标文件预付款保函原定为银行保函，正式合同中双方协商一致是可以改为商业保函的。以下从不同角度为你详细分析：

合同变更的合法性

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以协商一致变更合同内容。在招标文件和正式合同的关系中，招标文件通常被视为要约邀请，而正式合同则是双方最终达成的要约与承诺的产物。因此，只要双方在正式合同中明确约定将预付款保函的形式由银行保函变更为商业保函，并且这一变更不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种变更是合法有效的。

变更的具体操作

1. 协商一致：双方需要就保函形式的变更进行充分协商，并达成一致意见。这通常需要在正式合同中明确约定变更条款，包括变更的原因、变更后的保函形式、变更的生效时间等。
2. 书面形式：为了确保变更的合法性和有效性，建议双方将变更内容以书面形式固定下来，作为正式合同的附件或补充协议。这样可以在后续履行过程中避免争议和纠纷。
3. 通知相关方：如果招标文件或合同中涉及其他相关方（如招标代理机构、担保机构等），双方还需要及时通知这些相关方关于保函形式变更的情况，以确保各方能够按照新的约定履行义务。

变更可能带来的影响

1. 信用风险：银行保函通常具有较高的信用等级和可靠性，而商业保函的信用等级则取决于出具保函的企业的信用状况。因此，将银行保函变更为商业保函可能会增加一定的信用风险。双方需要在协商过程中充分考虑这一因素，并采取相应的风险防控措施。
2. 成本变化：银行保函和商业保函的出具费用可能存在差异。一般来说，银行保函的费用可能相对较高，而商业保函的费用则可能因企业信用状况的不同而有所差异。因此，在变更保函形式时，双方还需要考虑成本变化的因素。
3. 合同履行：保函作为合同履行的一种担保方式，其形式的变更可能会影响合同的履行。双方需要在变更保函形式后，确保合同的履行不受影响，并按照新的约定履行各自的义务。

注意事项

1. 审查合同条款：在变更保函形式前，双方应仔细审查合同条款，确保变更内容不违反合同中的其他约定或限制条件。
2. 咨询专业意见：如果双方对保函形式的变更存在疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师或相关领域的专家意见，以确保变更的合法性和有效性。
3. 保留相关证据：在变更保函形式的过程中，双方应保留好相关证据（如协商记录、书面变更协议等），以备后续可能出现的争议或纠纷。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。