结论：在合同纠纷中，若乙方不支付，甲方（农民）是否可以自行支付，取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。一般情况下，甲方没有直接支付乙方应付款项的法定义务，但合同中可能有特殊约定或存在其他法律情形使得甲方可以或需要支付。

分析：

1. 合同约定优先：

   • 首先，需要查看合同中是否有关于乙方不支付时甲方处理方式的明确约定。如果合同中有规定甲方在乙方不支付的情况下可以代为支付，或者甲方有义务确保合同得到履行（例如，在某些保证合同或连带责任合同中），那么甲方可能需要根据合同约定进行支付。
   • 如果合同中没有此类约定，甲方通常没有直接支付乙方应付款项的义务。

2. 法律义务与责任：

   • 在没有合同约定的情况下，甲方作为农民（通常作为合同的一方或受益人），并没有法律上的义务去支付乙方应支付的款项。乙方的支付义务是独立的，不因甲方的身份或地位而改变。
   • 如果乙方不支付导致甲方遭受损失，甲方可以根据合同法的规定，要求乙方承担违约责任，包括赔偿损失等。

3. 特殊情况下的支付义务：

   • 在某些特殊情况下，如甲方作为保证人或存在其他连带责任情形时，甲方可能需要根据法律规定或合同约定承担支付义务。但这通常需要在合同中有明确约定，或者符合法律规定的特定条件。

4. 实际操作建议：

   • 如果乙方不支付，甲方应首先与乙方进行沟通，了解不支付的原因，并尝试协商解决。
   • 如果协商无果，甲方可以根据合同约定或法律规定，通过法律途径（如诉讼、仲裁等）来维护自己的权益，要求乙方支付应付款项并承担违约责任。
   • 在任何情况下，甲方都不应擅自支付乙方应付款项，除非有明确的合同约定或法律义务。

法律后果：

• 如果甲方擅自支付了乙方应付款项，而没有合同约定或法律义务作为依据，那么甲方可能无法从乙方那里追回这笔款项，甚至可能面临其他法律风险。
• 如果乙方不支付导致甲方遭受损失，且甲方能够证明乙方的违约行为与损失之间的因果关系，那么甲方有权要求乙方赔偿损失。

总结与建议：

在处理此类合同纠纷时，甲方应首先审查合同条款，了解自己的权利和义务。如果乙方不支付，甲方应尝试通过协商解决；如果协商无果，应寻求法律途径来维护自己的权益。在任何情况下，甲方都不应擅自支付乙方应付款项，除非有明确的合同约定或法律义务作为依据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。