孕妇申请居家办公时，其工资的计算方式是一个涉及多方面因素的问题，需要综合考虑劳动合同的约定、用人单位的规章制度、实际工作情况以及相关的法律法规。以下是对这一问题的详细解答：
一、基本原则
劳动报酬权：
- 无论孕妇是到公司上班还是选择居家办公，只要她按照用人单位的要求提供了正常劳动，就应当获得相应的劳动报酬。这是《劳动法》所保障的基本权益，确保孕妇在特殊时期也能获得应有的经济回报。
同工同酬原则：
- 居家办公期间，如果孕妇能够完成其本职工作，并且工作质量与在公司工作时相当，那么她的工资应当与公司工作时保持一致。这意味着，孕妇的工资应按照原有的工资标准进行计算和发放，不应因办公地点的改变而受到影响。
二、具体工资计算方式
劳动合同或规章制度有约定：
- 如果用人单位与孕妇在劳动合同中明确约定了居家办公期间的工资计算方式，或者用人单位的规章制度中有相关规定，并且这些约定或规定不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照这些约定或规定来计算工资。
- 例如，如果公司规章制度规定居家办公期间工资按正常出勤工资的90%发放，而孕妇的月工资标准为5000元，那么她在居家办公期间每月应获得的工资就是4500元。
正常提供劳动：
- 如果孕妇在居家办公期间能够正常提供劳动，并且完成了工作任务，那么她的工资待遇应当与正常出勤相同。这包括基本工资、奖金、津贴等所有应得的劳动报酬。
- 例如，孕妇与公司签订的劳动合同约定月工资为6000元（其中基本工资4000元，绩效奖金2000元），如果她在居家办公期间绩效达标，那么公司应当按月支付她6000元的工资。
未正常提供劳动：
- 如果孕妇因身体原因等未能正常提供劳动，用人单位可以与她协商工资待遇。但是，支付的工资不得低于当地最低工资标准，以确保孕妇的基本生活需求得到满足。
- 如果用人单位没有安排孕妇工作，那么应当按照不低于当地最低工资标准的一定比例支付生活费。这个比例由各省、自治区、直辖市根据实际情况进行规定。
- 例如，某地的最低工资标准为2000元，规定未安排工作按70%支付生活费。如果孕妇因身体不适无法正常工作，并且公司也没有为她安排任务，那么公司每月应当支付她1400元的生活费。
三、争议解决途径
- 如果用人单位没有相关的规章制度或者劳动合同中没有明确的约定，而双方又无法就工资计算方式达成一致意见，那么可以通过协商、调解或者劳动争议仲裁等方式来解决争议。
- 在这个过程中，孕妇可以寻求专业律师的帮助来维护自己的合法权益。律师可以提供专业的法律意见和帮助，确保孕妇在争议解决过程中得到公正对待。
综上所述，孕妇申请居家办公的工资计算方式需要严格遵循法律法规和劳动合同的约定。在确保孕妇提供正常劳动的前提下，她的工资待遇应当与正常出勤相同。同时，双方应当通过协商和沟通来确定公平合理的工资标准，以维护孕妇的合法权益。