关于计算经济补偿金的基数是否要扣除加班费的问题，结论前置如下：
- 一般情况下，经济补偿金的计算基数不直接扣除加班费，但具体是否纳入计算需结合地区规定和司法实践。
- 若当地有明确规定或劳动合同中有特别约定，则可能需将加班费纳入经济补偿金的计算基数。
详细分析：
一、法律规定角度
- 《劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 《劳动合同法实施条例》第二十七条：进一步明确了经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算，包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。然而，该条例并未明确提及加班工资是否应纳入计算范围。
二、加班费的性质与归属
加班费是劳动者在正常工作时间之外付出额外劳动所获得的报酬，它属于劳动者应得工资的一部分。从法律层面来看，既然“月工资”的定义中包含了所有货币性收入，且未将加班费排除在外，那么加班费在理论上应被视为经济补偿金计算基数的一部分。
三、地区差异与司法实践
由于法律未明确规定加班费是否应纳入经济补偿金计算基数，各地区在司法实践中对此的处理存在差异：
不扣除加班费的地区：
- 如上海等地区，依据当地高级人民法院的相关解答，计算经济补偿金基数时，劳动者每月应得工资包含加班工资。因为加班工资是劳动者工资的一部分，且法律规定按照“应得工资”计算。
扣除加班费的地区：
- 如广东等地区，根据当地高级人民法院及劳动人事争议仲裁委员会的相关规定，在计算劳动者解除或终止劳动合同前十二个月平均工资时，加班工资一般应剔除。理由是经济补偿金主要为了弥补劳动者失去工作岗位后的生活和再就业过渡期间的经济损失，应以正常工作时间的劳动报酬为计算依据。
四、特殊情况处理
- 如果劳动者的月平均工资低于当地最低工资标准，应按最低工资标准计算经济补偿金。
- 若按上述方法计算出的经济补偿金数额低于按当地最低工资标准计算的数额，也应按最低工资标准的数额支付。
五、综合建议
- 了解当地规定：由于地区间存在差异，建议首先查阅并遵循当地的相关规定，以确定加班费是否应纳入经济补偿金的计算基数。
- 审查劳动合同：检查劳动合同中是否有关于经济补偿金计算基数的特别约定，如有，则按照合同约定处理。
- 咨询专业意见：在处理具体案件时，如有疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，以获得更准确的法律意见和指导。
举例说明：
假设某劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资为5000元，其中加班费为1000元。若当地规定加班费应纳入经济补偿金计算基数，则该劳动者的经济补偿金计算基数为5000元；若当地规定加班费应剔除，则该劳动者的经济补偿金计算基数为4000元。具体数额需根据劳动者的工作年限和当地的经济补偿标准来计算。
总结：
计算经济补偿金的基数是否要扣除加班费，需结合具体地区的法律法规和司法实践来判断。在处理此类问题时，建议首先了解当地规定，审查劳动合同，并在有疑问时直接向我咨询，以确保自身权益得到妥善保护。