结论：交强险和商业险不在同一个公司时，赔付时不会额外扣钱，但需分别向两家公司报案并按照各自流程提交材料，交强险先行赔付，不足部分由商业险补充。过程中需注意沟通协调、材料完整及合同条款。
一、赔付流程详解
及时报案
- 无论交强险和商业险是否在同一家公司，都应在事故发生后的24小时或48小时内（具体时间参照保险合同约定）向两家保险公司分别报案。
- 报案时需提供事故发生的时间、地点、经过、涉及车辆及人员情况等详细信息，并附上事故现场照片、视频等证据材料。
交强险先行赔付
- 赔偿范围与限额：交强险主要负责赔偿第三方的人身伤亡和财产损失。在有责任情况下，死亡伤残赔偿限额为18万元，医疗费用赔偿限额为1.8万元，财产损失赔偿限额为2000元；在无责任情况下，相应限额有所降低。
- 理赔流程：按照交强险承保公司的要求，提交交通事故责任认定书、医院诊断证明、医疗费用发票、财产损失清单及修复发票等相关理赔材料。保险公司对材料进行审核，确认属于交强险赔偿范围后，将在规定时间内进行赔付。
商业险补充赔付
- 判断是否启动商业险：在交强险赔付后，若受害人的损失仍未得到全部赔偿，则需启动商业险进行补充赔付。例如，超出交强险医疗费用赔偿限额的部分，可通过商业险中的第三者责任险来赔付。
- 理赔流程：向商业险承保公司提交与交强险类似的理赔材料，同时提供交强险的赔付凭证。商业险公司对材料进行审核，根据保险合同约定和事故责任比例进行赔付。在审核过程中，可能会对事故真实性、损失合理性等进行调查核实。
二、注意事项与建议
协调两个保险公司
- 由于交强险和商业险由不同公司承保，理赔过程中需积极协调两家公司的工作，确保赔偿金额和赔偿顺序的合理确定。可以要求两家公司协商，避免推诿责任。
保留相关证据
- 在整个事故处理和理赔过程中，务必保留好所有相关证据和文件，如事故现场照片、视频、医疗记录、费用发票等。这些证据在理赔过程中至关重要，能够支持您的赔偿请求。
遵守保险合同约定
- 被保险人应严格遵守交强险和商业险保险合同的各项约定，如按时缴纳保险费、如实告知事故情况等。否则，可能会影响理赔结果，甚至导致保险公司拒绝赔付。
尽量选择同一家保险公司
- 虽然交强险和商业险可以在不同公司购买，但为便于理赔和管理，建议尽量选择在同一家保险公司购买这两种保险。这样可以减少理赔过程中的繁琐步骤和时间成本，提高理赔效率。
三、实例说明
假设您驾驶的车辆与另一辆车发生碰撞，导致对方车辆受损且人员受伤。您购买的交强险和商业险分别在不同公司。在此情况下：
- 您应首先向交警部门报案，并分别向交强险和商业险承保公司报案。
- 提交相关理赔材料给交强险公司，如事故责任认定书、对方医疗费用发票等。交强险公司在审核后，将在赔偿限额内进行赔付。
- 若对方损失超出交强险赔偿限额，您需向商业险公司提交理赔材料，包括交强险的赔付凭证等。商业险公司将根据保险合同约定和事故责任比例进行补充赔付。
在整个过程中，您需积极协调两家保险公司的工作，确保赔偿金额和赔偿顺序的合理确定。同时，保留好所有相关证据和文件，以备不时之需。
总结：交强险和商业险不在同一个公司时，赔付过程虽需额外注意一些事项，但只要遵循正确的步骤和建议，仍能确保理赔工作的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。