施工合同可以约定拒不整改时由第三方进行整改，但需满足一定条件并注意相关法律风险。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定的合法性
意思自治原则：根据《民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同内容。因此，施工合同中约定拒不整改时由第三方进行整改，从原则上讲，是双方意思自治的体现，具有合法性。
约定内容的具体性：合同中的约定应当具体明确，包括但不限于整改的范围、标准、费用承担、第三方选择方式等。只有约定具体明确，才能在发生争议时作为判断双方权利义务的依据。
二、约定可能面临的法律风险
第三方整改的合法性：虽然合同双方可以约定由第三方进行整改，但该第三方必须具备相应的资质和能力，且其整改行为必须符合法律法规和行业标准。如果第三方不具备相应资质或整改行为违法，可能导致合同无效或引发其他法律责任。
费用承担问题：合同中应明确约定第三方整改费用的承担方式。如果约定不明或未约定，可能引发双方对费用承担的争议。此外，如果整改费用过高，可能超出违约方的预期，导致合同显失公平。
违约责任的界定：在约定由第三方整改的情况下，应明确界定违约方的违约责任。例如，如果违约方拒不支付整改费用或拒绝配合第三方整改，应承担何种法律责任。这有助于在发生争议时，快速明确双方的权利义务，减少诉讼成本。
三、实际操作建议
完善合同条款：在施工合同中，应详细约定拒不整改时由第三方进行整改的相关条款，包括整改的范围、标准、费用承担、第三方选择方式、违约责任等。确保合同条款具体明确，具有可操作性。
选择具备资质的第三方：在选择第三方进行整改时，应确保其具备相应的资质和能力。可以通过查询相关资质证书、了解其过往业绩等方式进行核实。
保留相关证据：在整改过程中，应保留好相关证据，如整改通知、整改方案、费用支出凭证等。这些证据在发生争议时，将作为判断双方权利义务的重要依据。
及时沟通协商：在整改过程中，双方应及时沟通协商，共同解决遇到的问题。如果违约方愿意配合整改，可以协商减少或免除其部分违约责任，以促进合同的顺利履行。
总结来说，施工合同中可以约定拒不整改时由第三方进行整改，但需满足一定条件并注意相关法律风险。在实际操作中，应完善合同条款、选择具备资质的第三方、保留相关证据并及时沟通协商。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。