在行政检察办案中发现机动车司法鉴定有误，可以按照以下步骤处理：

1. 及时提出异议并要求重新鉴定

   • 法律依据：根据《司法鉴定程序通则》第三十一条规定，若发现鉴定意见存在错误、不准确或程序违法等情形，办案机关或当事人有权要求原鉴定机构进行补充鉴定或重新鉴定。
   • 操作建议：行政检察人员应立即书面通知原鉴定机构，明确指出鉴定中存在的具体问题（如数据错误、方法不当、程序违法等），并要求其在规定期限内补充说明或重新出具鉴定意见。若原机构拒绝，可依法委托其他有资质的鉴定机构进行重新鉴定。

2. 启动内部监督程序

   • 法律依据：根据《人民检察院行政诉讼监督规则》等相关规定，检察机关在办案中发现司法鉴定存在问题的，可通过内部监督机制要求相关部门纠正。
   • 操作建议：行政检察部门应将鉴定错误情况报告本院检察长或检察委员会，必要时可向上一级检察机关汇报。同时，可建议对原鉴定机构进行调查，核实其资质、程序合法性及是否存在利益输送等问题。

3. 依法纠正错误鉴定并追究责任

   • 法律依据：若鉴定错误导致案件处理结果错误，可根据《行政诉讼法》第七十条、第七十一条等规定，依法提出检察建议或抗诉，要求法院撤销原判决、裁定或调解书，并重新审理。
   • 操作建议：在纠正错误鉴定的同时，应同步审查原案件处理是否因鉴定错误而违法。若存在违法情形，可依法向相关行政机关提出纠正违法检察建议，或向法院提出再审检察建议。对于鉴定机构或鉴定人的违法行为，可向司法行政机关提出处理建议，追究其行政责任或刑事责任。

4. 加强与相关部门的协作配合

   • 法律依据：根据《关于健全完善侦查监督与协作配合机制的意见》等文件精神，检察机关应与公安机关、司法行政机关等建立信息共享、线索移送等协作机制。
   • 操作建议：在处理鉴定错误问题时，可主动与公安机关、司法行政机关沟通，共享鉴定信息，协调开展补充鉴定或重新鉴定工作。同时，可建议相关部门完善鉴定机构准入、退出机制及鉴定人考核制度，从源头上减少鉴定错误的发生。

5. 保障当事人合法权益

   • 法律依据：根据《行政诉讼法》等相关规定，当事人因鉴定错误遭受损失的，有权依法获得赔偿。
   • 操作建议：在处理鉴定错误问题时，应充分保障当事人的知情权、参与权及申诉权。若当事人因鉴定错误遭受损失，可引导其通过行政赔偿、民事诉讼等途径维护自身权益。同时，可建议相关部门完善鉴定错误救济机制，为当事人提供便捷、高效的维权渠道。

总结：行政检察办案中发现机动车司法鉴定有误时，应依法及时提出异议、启动内部监督程序、纠正错误鉴定并追究责任、加强与相关部门的协作配合，并保障当事人合法权益。若您在处理此类问题时遇到具体法律难题，可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供专业、全面的法律建议。