若企业已将不合格化妆品发放给员工，需立即采取以下措施，以避免法律风险并保障员工权益：

1. 立即停止使用并召回产品
   企业应第一时间通知员工停止使用该批次化妆品，并安排统一召回。根据《化妆品监督管理条例》第六十条，经营变质、超过使用期限的化妆品，或生产经营不符合强制性国家标准、技术规范的化妆品，将面临没收违法所得、罚款（货值金额1倍以上10倍以下）等处罚。若产品已造成员工人身损害，企业还需承担民事赔偿责任。

2. 内部调查与整改
   企业需启动内部调查，核实产品不合格的原因（如原料问题、生产流程缺陷、储存不当等），并形成书面报告。若涉及供应商责任，应保留证据（如采购合同、质检报告）以备追责；若为企业自身过错，需立即整改生产或储存环节，并完善质量管理体系，避免同类问题再次发生。

3. 员工健康监测与赔偿
   若员工因使用不合格化妆品出现过敏、皮肤损伤等健康问题，企业应主动安排医疗检查并承担费用。根据《民法典》第一千一百六十五条，企业因过错侵害他人民事权益造成损害的，需承担侵权责任。若员工提出赔偿要求，企业应协商解决；协商不成，员工可通过法律途径维权，企业可能面临更高额赔偿。

4. 主动报告监管部门
   根据《化妆品监督管理条例》第四十八条，化妆品生产经营者发现产品存在质量缺陷或其他问题，可能危害人体健康的，应立即停止经营，并通知相关化妆品生产经营者和消费者，同时向所在地药品监督管理部门报告。隐瞒不报可能加重处罚，甚至构成犯罪（如生产、销售不符合安全标准的化妆品罪）。

5. 完善合规制度
   企业需建立化妆品质量安全管理制度，包括原料验收、生产过程控制、成品检验等环节，并定期对员工进行合规培训。若企业为化妆品经营者（如销售方），还需履行进货查验义务，留存供应商资质、产品检验报告等文件，以证明自身已尽到合理注意义务。

若企业未及时处理，可能面临多重法律风险：

• 行政处罚：罚款、没收违法所得、吊销许可证等；
  
• 民事赔偿：员工健康损害赔偿、产品召回费用等；
  
• 刑事责任：若产品造成严重后果（如多人重伤、死亡），企业直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能被追究刑事责任。

建议企业立即行动，降低风险。若需进一步分析具体案例或制定合规方案，可直接向我咨询。