被扣押的假冒注册商标的商品，通常会被依法没收并销毁，违法所得会被追缴，行为人还可能面临罚款等行政处罚；若构成犯罪，则需承担刑事责任，商品同样会被没收。以下是对此问题的详细分析：
一、行政处罚层面
没收与销毁：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十条的规定，工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，会责令立即停止侵权行为，并没收、销毁主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，同时没收、销毁侵权商品。
罚款：
- 违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款；没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。
违法所得追缴：
- 对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，会从重处罚。同时，违法经营额计算时，包括已出售和未出售的商品价值，且会追缴违法所得。
二、刑事责任层面
犯罪构成：
- 若销售假冒注册商标的商品行为构成犯罪，如销售明知是假冒注册商标的商品，且违法所得数额较大或有其他严重情节，将依据《中华人民共和国刑法》第二百一十四条追究刑事责任。
刑事处罚：
- 违法所得数额较大或有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；违法所得数额巨大或有其他特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
商品处理：
- 在刑事案件中，假冒注册商标的商品同样会被没收，并可能根据案件需要被销毁或用于其他合法目的（如作为证据展示）。
三、特殊情况处理
- 不知情销售：若销售者不知情且能证明商品合法来源，虽不承担刑事责任，但仍需承担停止销售等民事责任，且商品可能仍会被没收以防止进一步流通。
- 民事赔偿：除行政处罚和刑事责任外，权利人还可要求侵权人承担民事赔偿责任，包括赔偿损失和消除影响等。
温馨提示：销售假冒注册商标的商品是违法行为，不仅损害消费者权益，也破坏市场秩序。若您或您身边的人涉及此类问题，请直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律分析和建议。