在处理员工涉及销售假冒注册商标的商品罪这一问题时，我们需要细致分析员工的知情情况、具体角色以及法律后果，以确保给出全面且准确的解答。
一、员工是否构成犯罪及处罚原则
构成犯罪的情况：
- 如果员工明知所销售的是假冒注册商标的商品，并积极参与销售行为，且达到了入罪标准（如违法所得数额较大或有其他严重情节），那么该员工就构成了销售假冒注册商标的商品罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，此类员工将面临三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金的处罚；若违法所得数额巨大或有其他特别严重情节，则处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
- 在共同犯罪中，员工的作用不同，处罚也会有所差异。起主要作用的员工（如负责销售渠道拓展、决策销售策略等）将被认定为主犯，按上述规定处罚；而起次要或辅助作用的员工（如听从安排进行货物清点、发货等）则会被认定为从犯，法院会从轻、减轻或免除处罚。
不构成犯罪的情况：
- 如果员工确实不知晓所售商品为假冒注册商标，且在日常工作中无理由应当知道，那么该员工就不构成犯罪。但这种情况相对较少，因为销售假冒注册商标商品罪要求主观上为故意。
二、其他相关法律责任
- 除了刑事责任外，员工还可能面临民事赔偿的连带责任（在存在民事侵权纠纷的情况下）。即使员工不构成犯罪，但如果所在单位涉及该犯罪，员工也可能因单位违法经营而遭遇劳动纠纷，如劳动合同解除、经济补偿等问题。
- 若员工还涉及伪造、擅自制造或销售伪造、擅自制造的注册商标标识，根据《刑法》相关规定，将面临更严厉的刑事处罚。
三、法院量刑的综合考虑因素
- 在判决时，法院会综合考量员工在犯罪中的地位、作用、知情程度、参与程度、犯罪后的态度以及假冒行为的性质、实际影响和是否涉及公众利益等多方面因素。
四、处理建议与预防措施
加强员工培训：
- 公司应定期对员工进行知识产权和商标法培训，提升员工的法律意识和风险防范能力，确保员工了解销售假冒注册商标商品的严重后果。
严格内部管理：
- 建立健全的内部管理制度，加强对采购、仓储、销售等环节的监管，确保商品来源合法、质量可靠，防止假冒注册商标商品流入市场。
及时采取措施：
- 一旦发现员工涉及销售假冒注册商标商品的行为，公司应立即停止销售、召回商品，并配合相关部门的调查处理，以减轻法律后果。
建立举报机制：
- 鼓励员工积极举报违法行为，对举报人给予适当奖励和保护，形成有效的内部监督机制。
综上所述，对于销售假冒注册商标的商品罪的员工处理，需综合考虑多种因素，并采取相应的法律措施和管理手段。如果员工确实不知情且未参与销售行为，通常不承担刑事责任；但如果明知并参与销售，则将作为从犯受到相应刑事处罚，并可能面临行政处罚和民事赔偿等法律责任。因此，公司应加强员工培训、严格内部管理，并及时采取措施应对违法行为，以确保公司的合法权益和员工的合法权益得到妥善保护。