软件著作权登记证书上写了单位名称，该证书仍然是可以使用的，但具体使用场景和权益归属需根据实际情况来判断。以下从几个方面为你详细分析：

一、证书的法律效力

软件著作权登记证书是证明软件著作权归属的重要法律文件。无论证书上写的是个人还是单位名称，只要登记信息真实、准确，该证书就具有法律效力，可以作为软件著作权归属的初步证明。因此，如果证书上写的是单位名称，那么该单位就是该软件的著作权人，享有相应的著作权权益。

二、单位作为著作权人的权益

1. 使用权：单位作为著作权人，有权使用该软件，包括复制、发行、出租、信息网络传播等。
2. 许可权：单位可以许可他人使用该软件，并获得相应的许可费用。
3. 转让权：单位有权将该软件的著作权转让给他人，并获得转让费用。
4. 保护权：单位有权保护该软件的著作权不受侵犯，包括采取法律手段追究侵权者的责任。

三、使用证书的注意事项

1. 确保登记信息准确：如果证书上的单位名称与实际著作权人不符，或者存在其他登记错误，应及时向著作权登记机构申请更正，以免影响证书的法律效力。
2. 妥善保管证书：软件著作权登记证书是重要的法律文件，应妥善保管，避免遗失或损坏。如果证书遗失或损坏，应及时向著作权登记机构申请补发或换发。
3. 明确使用范围：单位在使用软件著作权时，应明确使用范围和使用方式，避免侵犯他人的合法权益。例如，在许可他人使用软件时，应签订书面许可合同，明确许可的范围、期限、费用等条款。

四、特殊情况下的处理

1. 单位变更：如果单位发生变更（如合并、分立、改制等），应及时向著作权登记机构办理著作权变更登记手续，以确保证书上的单位名称与实际著作权人一致。
2. 职务作品：如果软件是单位员工在职务范围内创作的职务作品，且双方没有约定著作权归属的，那么该软件的著作权通常归单位所有。但员工仍享有署名权等精神权利。在这种情况下，单位应确保在软件著作权登记证书上正确标注单位名称，并尊重员工的署名权等精神权利。

如有任何关于软件著作权登记或使用的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细的法律建议和指导。