您好，关于公司要登记软件著作的问题，这是一个涉及版权保护的重要步骤，下面我将为您详细解答整个登记流程及相关注意事项。
首先，根据《计算机软件著作权登记办法》，软件著作权登记是为了促进我国软件产业发展，增强信息产业的创新能力和竞争能力，国家著作权行政管理部门鼓励软件登记，并对登记的软件予以重点保护。因此，进行软件著作权登记是非常有必要的。
登记流程如下：
准备申请材料：
- 填写软件著作权登记申请表，确保信息准确无误。
- 准备软件的鉴别材料，包括程序和文档的鉴别材料。程序和文档的鉴别材料应当由源程序和任何一种文档前、后各连续30页组成（整个程序和文档不到60页的，应当提交整个源程序和文档）。
- 准备相关的证明文件，如自然人、法人或者其他组织的身份证明；有著作权归属书面合同或者项目任务书的，应当提交合同或者项目任务书；经原软件著作权人许可，在原有软件上开发的软件，应当提交原著作权人的许可证明等。
选择鉴别材料交存方式：
- 申请人可以选择对鉴别材料作例外交存，具体方式包括源程序的前、后各连续的30页（机密部分可覆盖，但不得超过交存源程序的50%）、源程序连续的前10页加上源程序的任何部分的连续的50页、目标程序的前、后各连续的30页加上源程序的任何部分的连续的20页等。
提交申请：
- 将准备好的申请材料直接递交或者挂号邮寄至中国版权保护中心。提交申请时，应当注明申请人、软件的名称，有受理号或登记号的，应当注明受理号或登记号。
审查和批准：
- 中国版权保护中心在收到符合规定的材料后，会进行受理并书面通知申请人。
- 自受理日起60日内，中国版权保护中心会完成审查。如果申请符合《条例》和本办法规定的，会予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
领取登记证书：
- 审查通过后，申请人可以领取软件著作权登记证书，这是软件著作权的重要法律凭证。
注意事项：
- 申请文件应当使用国际标准A4型纸张，并按照要求填写统一表格，使用中文填写。提交的各种证件和证明文件是外文的，应当附中文译本。
- 如果申请文件填写不完整、不规范，或者提交的鉴别材料不符合规定，中国版权保护中心会要求申请人补正。申请人应当在指定期限内补正，逾期未补正的，视为撤回申请。
- 软件著作权登记人可以对已经登记的事项作变更或者补充，但需要提交相应的变更或者补充申请表、登记证书或者证明的复印件以及有关变更或者补充的材料。
费用说明：
- 申请软件登记需要交纳一定的费用，包括软件著作权登记费、登记证书费等。具体收费标准由国家版权局会同国务院价格主管部门规定并公布。
希望以上解答能够帮助您清晰地了解公司登记软件著作的整个流程和注意事项。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。