假冒注册商标罪中的运费通常不被单独计入非法经营数额。但在某些情况下，如果运费是作为侵权行为的一部分，例如为假冒商品提供快递运输服务并因此获得了收入，那么这部分收入可能会被考虑在内，作为计算违法经营额的一个因素。

具体来说，根据《商标法实施条例》及相关法律规定，假冒注册商标罪的非法经营数额主要是指行为人假冒注册商标行为中侵权产品的价值，这涵盖了生产、存储、运输以及销售等各个环节。在计算时，已售侵权产品价值按实际销售价格算，未售的则按标价或销售均价算。若侵权产品无标价且无法查清实际售价，可参照被侵权产品市场中间价格来计算。

而对于为假冒商品提供运输服务等情况，根据国家知识产权局公布的《商标侵权案件违法经营额计算办法（征求意见稿）》，故意为侵犯他人注册商标专用权提供便利条件的，其违法经营额可以按照帮助侵权获得的收入来计算。如果没有收入，则按照没有违法经营额处理。

因此，在处理假冒注册商标罪案件时，运费是否计入非法经营数额需要根据具体情况来判断。如果运费与侵权行为有直接关联，并且因此获得了收入，那么这部分收入可能会被计入违法经营额。否则，运费通常不会被单独计入非法经营数额。