公安机关移交假冒商标侵权案件后，市场监管部门二年内未找到当事人，二年后找到仍可能进行处罚。具体分析如下：
《行政处罚法》第二十九条第一款规定：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。”此条款关于行政处罚的时效规定，其意义在于促进行政机关对违法行为从快处理，消除隐患，并尽快稳定社会关系。对于“二年”的理解，需注意以下几点：
二年内未发现：如果该违法行为发生后的两年内，具有处罚权的行政机关未发现这一违法事实，那么在两年时效期过后，无论何时发现这一违法事实，对当时的违法行为人都不再给予行政处罚。
二年内已发现但未查获：如果违法行为在行为发生的两年内已被行政机关发现，但违法行为人在两年内未被查获或者逃避处罚，那么在两年后行政机关将其查获的，仍应当依法给予行政处罚。
时效起算点：时效的规定期限是从违法行为发生之日起开始计算的。“违法行为发生之日”是指违法行为完成或者停止之日。
连续或继续状态：对于违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。这里的“连续”状态是指违法行为人连续实施同一种违法行为，基于同一个违法故意，连续实施了数个独立的行政违法行为。对于这种违法行为，追诉时效的计算应从其最后一个违法行为实施完毕时开始，并将这一连续性的违法行为合并处罚。
综上所述，如果假冒商标侵权案件在二年内已被市场监管部门发现，但因各种原因未能找到当事人，那么在二年后找到当事人时，市场监管部门仍可以依法进行处罚。如果对此类问题仍有疑问，或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。