针对当事人有两个门店都侵犯了同一个品牌商标权，是否可以对经营者一起罚款的问题，结论是：行政机关或司法机关在处理时，会根据具体情况决定是否对经营者一起进行处罚，而非简单的一并罚款。以下从不同角度进行分析：
一、行政处罚角度
分别处罚原则：
- 根据《中华人民共和国商标法》及相关实施条例，对于侵犯商标权的行为，行政机关有权对侵权人进行处罚。若两个门店分别实施了侵权行为，且能证明各自独立，那么行政机关可能会分别对两个门店进行处罚，包括罚款、没收违法所得等措施。这种情况下，虽然是对两个门店分别处罚，但实质上是对同一经营者的不同经营场所进行的处罚。
合并处罚考量：
- 如果两个门店的侵权行为存在紧密联系，如由同一经营者统一管理、使用相同侵权标识等，行政机关在处罚时可能会考虑合并处罚的因素。但合并处罚并非简单地将两个门店的罚款数额相加，而是会综合考虑侵权行为的性质、情节、后果等因素，确定一个合理的处罚数额。
处罚的合法性与合理性：
- 无论是对两个门店分别处罚还是合并处罚，行政机关都必须确保处罚的合法性与合理性。这包括处罚依据的明确性、处罚程序的合法性、处罚数额的合理性等。如果行政机关认为对经营者一起罚款更为合适，且符合相关法律法规的规定，那么是可以这样操作的。但关键在于，这种处罚方式必须有明确的法律依据，并且符合行政处罚的公平、公正原则。
二、司法诉讼角度
共同侵权诉讼：
- 如果商标权人选择通过司法途径维护自己的权益，可以将两个门店及其经营者作为共同被告提起诉讼。在诉讼中，法院会根据证据和法律规定，判断两个门店是否构成共同侵权，以及经营者是否应承担连带责任。如果法院认定构成共同侵权，那么经营者可能需要承担两个门店侵权行为的全部法律责任，包括赔偿损失等。但这并不意味着法院会直接对经营者一起罚款，而是会通过判决确定其应承担的民事责任。
刑事责任考量：
- 在极端情况下，如果侵权行为构成犯罪（如假冒注册商标罪等），那么经营者可能会面临刑事责任的追究。在刑事诉讼中，法院会根据犯罪情节和法律规定，对犯罪者进行定罪量刑。这种情况下，经营者可能会因为两个门店的侵权行为而受到更严厉的处罚，但同样不是简单的一并罚款。
三、实际操作建议
- 积极应对：作为经营者，面对商标权侵权指控时，应积极配合行政机关或司法机关的调查，主动提供相关证据和材料，以证明自己的清白或减轻责任。
- 寻求法律帮助：如果对处罚决定或诉讼结果有异议，可以及时寻求专业律师的法律帮助，通过合法途径维护自己的权益。
- 加强合规管理：为了避免类似的侵权行为再次发生，经营者应加强自身的合规管理，确保所有经营场所都严格遵守相关法律法规的规定。
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