在处理涉及商业秘密本身价值以及被侵害所造成损失的司法鉴定时，我们可以从以下几个方面入手，以确保鉴定的科学性、准确性和公正性。

一、明确鉴定目的和对象

首先，需要明确鉴定的具体目的，即是要确定商业秘密的经济价值，还是要计算因侵权行为所造成的实际损失。同时，鉴定对象应明确为涉案的商业秘密信息，这包括但不限于技术信息（如生产方法、加工方法、配方、设计方案等）和经营信息（如客户名单、产品规格、市场策略等）。

二、选择合适的鉴定类型

根据鉴定目的，我们可以选择以下几种鉴定类型：

1. 价值鉴定：评估商业秘密信息的经济价值，这通常需要考虑其研发成本、市场潜力、竞争优势等因素。
2. 损失鉴定：计算权利人因侵权行为所遭受的实际损失，这包括直接损失（如销售额的减少）和间接损失（如品牌声誉的损害、客户流失等）。

三、遵循鉴定流程

商业秘密司法鉴定一般遵循以下流程：

1. 委托鉴定：由法院、检察院委托或当事人申请，明确鉴定事项、目的等，并签订委托书。
2. 提供材料：当事人需要提供与鉴定相关的信息载体（如书面文件、电子数据等）和证明文件（如权利证书、研发记录等）。
3. 进行鉴定：鉴定机构或人员运用专业知识和技术手段，对涉案商业秘密信息进行深入分析和评估。
4. 出具报告：鉴定机构或人员根据鉴定结果，出具详细的鉴定报告，包括委托书、材料清单、鉴定方法、鉴定过程、鉴定结论等。
5. 质证和采信：鉴定报告需要接受法庭的质证和审查，以确定其证明力和采信程度。

四、注意鉴定特点和挑战

商业秘密司法鉴定具有专业性强、难度大、敏感性高的特点。它涉及多学科领域的知识和技术，需要鉴定人员具备丰富的专业知识和实践经验。同时，由于商业秘密的保密性要求，鉴定过程中需要严格遵守保密义务，确保涉案信息不被泄露。

五、寻求专业支持

鉴于商业秘密司法鉴定的复杂性和专业性，建议当事人在进行鉴定时寻求专业律师或鉴定机构的支持。他们可以提供专业的法律意见和鉴定服务，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。

综上所述，处理涉及商业秘密本身价值以及被侵害所造成损失的司法鉴定时，我们需要明确鉴定目的和对象、选择合适的鉴定类型、遵循鉴定流程、注意鉴定特点和挑战，并寻求专业支持。这样才能确保鉴定的科学性、准确性和公正性，为案件的解决提供有力的证据支持。