结论：标书上分两个标段，供应商同时投两个标段时，是否可以收取双份标书费，需结合招标文件规定、法律法规要求及公平性原则综合判断，具体如下：
1. 招标文件有明确规定时，以文件约定为准
招标文件是招标活动的核心依据，若文件中明确规定“供应商同时投多个标段需按标段数量缴纳标书费”，则招标方有权收取双份费用。例如，文件可能注明“每个标段独立收费，供应商需分别购买标书”，此时收取双份费用具有合同依据。
法律依据：根据《招标投标法》第十九条，招标文件应包括投标报价要求等实质性条款，供应商参与投标即视为接受文件约定。
2. 招标文件未明确规定时，需遵循公平与合理性原则
若招标文件未对“同时投多个标段”的标书费作出规定，招标方擅自收取双份费用可能涉嫌违规。此时需考虑：
- 公平性：标书费本质是覆盖招标文件编制、发布等成本，若同一供应商获取两份文件（即使内容相似），招标方可能主张成本增加；但若两标段文件内容高度重合，收取双份费用可能缺乏合理性。
- 行政规定：部分地区或行业对标书费有上限规定（如单份标书费不超过项目预算的1‰），若双份费用超出限额，则可能被认定为违规。
建议：招标方应在文件中提前明确收费规则，避免争议；供应商可要求招标方出具收费依据，必要时向行政监督部门（如发改委、财政部门）投诉。
3. 特殊情形：两标段内容高度关联时的处理
若两标段属于同一项目的不同部分（如工程标段1为土建、标段2为装修），且招标文件未禁止同时投标，此时收取双份标书费需谨慎：
- 成本分摊：招标方可能主张两标段文件编制、评审成本独立，但需提供成本明细证明；
- 供应商权益：供应商可主张两标段文件内容存在大量重复，要求按单份费用收取或退还部分费用。
案例参考：实践中，部分招标项目允许供应商“选择投一个或多个标段”，但仅收取一份标书费（如政府采购项目），以体现公平性。
总结与建议
- 招标方：应在招标文件中明确标书费收费规则（如按标段收费或统一收费），避免事后争议；
- 供应商：投标前仔细阅读招标文件，若发现收费规则不明确或显失公平，可要求招标方澄清或提出异议；
- 争议解决：若双方对收费产生分歧，可协商解决，或依据《招标投标法》第六十五条向行政监督部门投诉。
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