针对您提出的“医药公司电子版首营资料中的质量保证协议书，药店是否需要盖公章”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，首营资料在药品经营中扮演着至关重要的角色，它是确保药品来源合法、质量可靠的重要依据。对于首营资料中的质量保证协议书，它不仅是双方质量保证责任的明确，也是后续合作中质量管理和责任追溯的重要依据。
关于您提到的电子版首营资料，根据国家药监局的相关公告，鼓励药品经营企业开展首营资料电子化交换与管理。这意味着，电子版首营资料在符合法律规定的情况下，与纸质资料具有同等效力。对于电子版质量保证协议书，只要其加盖了符合法律规定的电子签名或者电子印章，就应当被视为具有法律效力。
接下来，针对药店是否需要盖公章的问题，我们可以从以下几个方面进行考虑：
法律规定：根据《药品经营质量管理规范》等相关法规，首营资料需要加盖企业公章以确认其真实性和有效性。这一要求同样适用于电子版首营资料，只不过在电子版中，公章的形式可能变为电子印章。
合作双方约定：在实际操作中，药店与医药公司之间的合作可能会涉及具体的约定。如果双方在合作协议中明确规定了电子版质量保证协议书需要加盖药店的电子印章或公章（在电子化环境下，这通常指的是电子印章），那么药店就需要按照约定执行。
行业惯例和监管要求：在药品经营行业中，为了确保资料的真实性和可追溯性，通常要求首营资料加盖公章。同时，监管部门在检查时也会关注这一点。因此，从行业惯例和监管要求的角度来看，药店在电子版质量保证协议书上加盖电子印章是符合要求的。
综上所述，对于医药公司电子版首营资料中的质量保证协议书，药店在符合法律规定和双方约定的情况下，应当加盖符合法律规定的电子印章（在电子化环境下视为公章的等效形式）。这样做不仅符合法规要求，也有助于确保双方合作的质量和安全性。如果在实际操作中遇到任何疑问或问题，建议及时与医药公司或相关监管部门进行沟通确认。