合同中约定开预付款发票的条款通常是有效的，但需结合具体情形判断其法律效力。以下从不同角度为你详细分析：

1. 合同自由原则角度
   根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。只要双方在合同中明确约定了开具预付款发票的具体条款（如开票时间、金额、税率等），且该约定不违反法律强制性规定（如虚开发票、偷逃税款等），该条款即具有法律效力。例如：若合同约定“买方支付预付款后3日内，卖方应开具等额增值税专用发票”，此类约定因符合商业惯例和税法要求，通常会被认定为有效。

2. 税法合规性角度
   需注意预付款发票的开具需符合《增值税暂行条例》及实施细则的规定：

   • 若预付款属于“定金”或“诚意金”性质，且双方明确约定后续需结算总价款，卖方可按“未发生销售行为的不征税项目”开具税率为“不征税”的普通发票（编码6“未发生销售行为的不征税项目”中的602“销售自行开发的房地产项目预收款”等情形）；
     
   • 若预付款实际构成部分价款（如分期付款中的首期款），卖方需按实际交易内容开具对应税率的发票（如13%的货物销售发票）。
     若合同约定与税法规定冲突（如要求虚开税率或金额），则该条款可能因违法而无效。

3. 违约责任角度
   若合同明确约定了开票义务及违约责任（如“逾期开票需按日支付违约金”），一方未履行时，另一方可依据合同主张权利。但需注意：

   • 违约金过高时，法院可能依据《民法典》第五百八十五条调整；
     
   • 若因开票问题导致对方无法抵扣进项税或产生税务风险，违约方可能需赔偿实际损失（如税款滞纳金、罚款等）。

4. 实务建议

   • 明确条款：在合同中详细约定开票时间、金额、税率、发票类型（专票/普票）及违约责任；
     
   • 税务合规：确保开票内容与实际交易一致，避免虚开发票风险；
     
   • 证据留存：保存付款凭证、开票记录、沟通记录等，以备纠纷时举证。

若你遇到具体合同纠纷（如对方拒不开票、开票内容不符等），可直接向我咨询，我会结合合同条款和税法规定为你分析维权路径。