工程合同中预付款未在约定时间支付，而约定到开发票时才付款，其有效性需分情况讨论：
合同条款明确约定且合法合规时有效
若工程合同中明确约定“预付款支付时间以乙方开具发票时间为准”，且该条款不违反法律强制性规定（如未损害国家、集体或第三人利益，未显失公平），则该条款有效。此时，甲方在乙方开具发票后支付预付款，属于履行合同义务，不构成违约。但需注意，若合同同时约定了预付款的“最迟支付期限”（如“乙方开具发票后3个工作日内支付”），则甲方仍需在该期限内支付，否则可能构成迟延履行。
合同未明确约定或约定违法时可能无效
- 未约定支付时间：若合同仅约定“预付款在开发票时支付”，但未明确“开发票”的具体条件（如发票类型、开具时间等），或未约定甲方未支付时的违约责任，则该条款可能因约定不明而无效。此时，甲方仍需在合理期限内支付预付款，否则可能承担违约责任。
- 约定违法：若合同约定“甲方以乙方未开发票为由拒绝支付预付款，且乙方需先开发票后甲方才付款”，但根据《民法典》第七百八十八条，建设工程合同中，发包人未按约定支付价款的，承包人可催告其在合理期限内支付，逾期不支付的，可暂停施工并要求支付价款及违约金。因此，若甲方以“未开发票”为由拒绝支付预付款，但合同未明确将“开发票”作为支付前提，或该约定显失公平（如要求乙方先垫付大量资金开发票），则该条款可能因违反法律强制性规定而无效。
实务建议
- 明确合同条款：建议在合同中明确约定预付款的支付时间、条件（如是否以开发票为前提）、金额及违约责任，避免歧义。
- 保留证据：若甲方未按约定支付预付款，乙方应及时催告并保留书面证据（如催告函、邮件、短信等），以便后续维权。
- 协商或诉讼：若双方对条款理解不一致，可先协商解决；协商不成的，可依据合同约定或法律规定向法院起诉，要求甲方支付预付款及违约金。
总结：工程合同中预付款的支付时间需以合同约定为准，但约定需合法合规且明确具体。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我会结合具体合同条款为您详细分析。