结论概述：北部湾港两个10万吨级泊位完工是重大基础设施建设的成果，若工程建设中存在违规操作，将可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。以下结合新闻背景及法律分析，详细阐述违规操作的处理方式及法律后果。
一、违规操作的法律定性及可能后果
在建设工程领域，违规操作可能涉及多个法律层面，包括但不限于违反《建筑法》、《安全生产法》、《环境保护法》以及相关的地方性法规和规章。具体到北部湾港两个10万吨级泊位工程，若存在违规操作，可能涉及以下法律后果：
行政处罚：根据违规操作的性质和严重程度，相关部门（如住建部门、环保部门、安全生产监督管理部门等）可依据相关法律法规对责任单位进行罚款、责令停工整改、吊销资质证书等行政处罚。例如，若工程存在未按规定进行环保设施建设或排放超标等环保违规行为，将可能面临环保部门的严厉处罚。
民事赔偿：若违规操作导致工程质量问题或安全事故，造成他人人身伤害或财产损失，责任单位需承担民事赔偿责任。这包括赔偿受害者的医疗费用、误工费、财产损失等。
刑事责任：在极端情况下，若违规操作构成犯罪（如重大责任事故罪、环境污染罪等），相关责任人员将可能面临刑事追究，包括有期徒刑、罚金等刑罚。
二、违规操作的具体处理方式
针对工程建设中的违规操作，处理方式通常包括以下几个步骤：
调查取证：相关部门在接到举报或发现违规操作后，将启动调查程序，收集证据，包括现场勘查、询问相关人员、调取监控录像等。
责令整改：根据调查结果，相关部门将向责任单位发出整改通知书，要求其在规定期限内完成整改。整改内容可能包括修复工程质量问题、完善环保设施、加强安全管理等。
行政处罚：若责任单位未能在规定期限内完成整改或整改不到位，相关部门将依法对其进行行政处罚。处罚决定将明确处罚种类、幅度和执行期限等。
民事诉讼或刑事追诉：若违规操作导致民事纠纷或刑事犯罪，受害者或检察机关可依法提起民事诉讼或刑事追诉，要求责任单位或相关责任人员承担相应的法律责任。
三、新闻背景中的法律关注点
结合新闻背景，北部湾港两个10万吨级泊位工程作为重大基础设施建设项目，其建设过程必须严格遵守相关法律法规和规章制度。特别是该工程涉及濒海复杂地质和严苛海域环保要求，更需加强环保设施建设和安全管理。若存在违规操作，不仅将面临严厉的法律后果，还将对工程的整体进度和质量造成严重影响。
四、对相关行业的警示意义及预防措施
该事件对相关行业具有警示意义，提醒各建设单位在工程建设过程中必须严格遵守法律法规和规章制度，加强环保设施建设和安全管理，确保工程质量。为预防类似违规操作的发生，建议采取以下措施：
加强法律法规宣传和培训：提高建设单位和相关人员的法律意识，确保其了解并遵守相关法律法规和规章制度。
完善监管机制：相关部门应加强对工程建设的监管力度，建立健全监管机制，及时发现并纠正违规操作。
强化责任追究：对违规操作的责任单位和相关责任人员依法进行严厉处罚，形成有效的震慑作用。
鼓励社会监督：鼓励公众对工程建设中的违规操作进行举报和监督，形成全社会共同参与的良好氛围。
综上所述，北部湾港两个10万吨级泊位完工是重大基础设施建设的成果，但若工程建设中存在违规操作，将可能面临严重的法律后果。各建设单位应严格遵守相关法律法规和规章制度，加强环保设施建设和安全管理，确保工程质量。如有任何法律问题，可直接向我咨询。