结论概述：北部湾港子公司拟投资42.12亿元建设北部湾港北海港域铁山东港区沙尾作业区4号5号泊位工程，该项目审批与建设需遵循企业投资港口工程建设项目的相关法律程序，包括编制项目申请书、履行核准手续、编制初步设计文件、施工图设计文件、办理审批手续、依法办理开工前相关手续、组织工程实施、编制竣工材料及组织竣工验收等。
一、项目审批与建设需遵循的法律程序
根据《港口工程建设项目的建设程序是什么?(涉企)》中的规定，企业投资的港口工程建设项目应当执行以下建设程序：
编制项目申请书或填写备案信息，履行核准或备案手续：
- 北部湾港子公司需编制项目申请书，详细阐述项目的必要性、可行性、建设规模、投资估算等内容，并向相关部门提交申请，履行核准手续。
根据核准的项目申请书或备案信息，编制初步设计文件：
- 在项目获得核准后，需根据核准的内容编制初步设计文件，明确项目的具体建设方案、技术标准、投资预算等。
根据批准的初步设计文件，编制施工图设计文件：
- 初步设计文件获得批准后，需进一步编制施工图设计文件，为施工提供详细的图纸和技术要求。
办理施工图设计审批手续：
- 施工图设计文件需提交给相关部门进行审批，确保设计符合相关法规和技术标准。
依法办理开工前相关手续：
- 在开工前，需依法办理水行政许可、规划许可、资源利用、安全生产、环境影响评价等相关报建手续。例如，需取得《海域使用权证书》，确保项目用海合法；需进行环境影响评价，确保项目对环境的影响在可控范围内。
组织工程实施：
- 在所有手续办理完毕后，可组织工程实施，包括施工、监理、质量检测等环节。
工程完工后，编制竣工材料，进行工程竣工验收的各项准备工作：
- 工程完工后，需编制竣工材料，包括施工记录、质量检测报告等，为竣工验收做好准备。
组织竣工验收：
- 最后，需组织相关部门和专家对项目进行竣工验收，确保项目符合设计要求和相关法规标准。
二、新闻背景中的法律问题分析
北部湾港子公司拟投资建设的4号5号泊位工程，作为企业投资的港口工程建设项目，需严格遵循上述法律程序。特别是，该项目涉及大规模的投资和复杂的工程建设，更需确保各项手续合法合规，以避免潜在的法律风险。
项目核准与备案：
- 项目需获得相关部门的核准或备案，这是项目合法性的前提。北部湾港子公司需确保项目申请书内容真实、准确、完整，以顺利通过核准。
环境影响评价：
- 港口工程建设项目对环境的影响较大，因此需进行严格的环境影响评价。北部湾港子公司需委托有资质的机构进行环评，并确保环评报告真实反映项目对环境的影响，提出有效的环保措施。
海域使用权：
- 项目用海需取得《海域使用权证书》，确保用海合法。北部湾港子公司需向相关部门申请海域使用权，并按照规定缴纳海域使用金。
施工与监理：
- 在施工过程中，需确保施工质量符合设计要求和相关法规标准。同时，需委托有资质的监理机构对施工进行监理，确保施工过程合法合规。
三、法律建议与风险提示
加强法律合规意识：
- 北部湾港子公司应加强法律合规意识，确保项目审批与建设过程中的各项手续合法合规。建议设立专门的法律合规部门或聘请专业律师团队，为项目提供法律支持。
完善内部管理制度：
- 公司应完善内部管理制度，明确各部门在项目审批与建设过程中的职责和权限。同时，应建立有效的监督机制，确保各项制度得到有效执行。
关注政策变化：
- 港口工程建设项目受政策影响较大，公司应密切关注相关政策变化，及时调整项目方案和实施计划。例如，需关注环保政策、海域使用政策等的变化，确保项目符合最新政策要求。
防范法律风险：
- 在项目审批与建设过程中，公司应防范各种法律风险，如合同纠纷、侵权纠纷等。建议在与合作伙伴签订合同时，明确双方的权利和义务，避免潜在的法律纠纷。
综上所述，北部湾港子公司拟投资建设的4号5号泊位工程需严格遵循企业投资港口工程建设项目的相关法律程序。公司应加强法律合规意识、完善内部管理制度、关注政策变化并防范法律风险，以确保项目顺利推进并取得成功。如有任何法律问题或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。