结论概述：结合新闻背景中中国登月2座总装厂房基本完成的情况，若相关建设单位在建设过程中违规操作，可能需承担行政责任、民事责任，甚至刑事责任，具体取决于违规行为的性质和后果。以下是对此问题的详细分析：
一、行政责任
违规行为与处罚：
- 若建设单位在总装厂房的建设过程中违反了《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，如未取得施工许可证擅自施工、未按照设计文件施工、使用不合格的建筑材料等，建设行政主管部门有权责令其改正，并处以罚款、停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等行政处罚。
新闻背景关联：
- 在登月项目这样的大型国家工程中，建设单位必须严格遵守相关法律法规，确保工程质量和安全。若因违规操作导致工程出现质量问题或安全隐患，不仅会影响登月计划的顺利进行，还可能对国家利益造成重大损失。因此，建设行政主管部门会对此类违规行为进行严厉打击。
二、民事责任
违约责任：
- 若建设单位与发包方（如国家航天部门或相关科研机构）签订了建设工程施工合同，并约定了工程的质量、进度、安全等条款，而建设单位因违规操作导致工程未能按照合同约定完成或出现质量问题，则构成违约。此时，建设单位需承担违约责任，包括赔偿发包方因此遭受的损失、支付违约金等。
侵权责任：
- 若建设单位的违规操作导致第三方（如周边居民、其他施工单位等）的人身或财产受到损害，则构成侵权。此时，建设单位需承担侵权责任，包括赔偿受害方的医疗费、财产损失等。
新闻背景关联：
- 在登月项目这样的高风险、高关注度的工程中，任何违规操作都可能引发严重的后果。若因建设单位的违规操作导致第三方受损，不仅会影响建设单位的声誉和信誉，还可能引发法律纠纷和诉讼，给建设单位带来巨大的经济损失和法律风险。
三、刑事责任
重大责任事故罪：
- 若建设单位的违规操作导致重大安全事故的发生，如厂房倒塌、人员伤亡等，且情节特别恶劣的，相关责任人员可能构成重大责任事故罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
工程重大安全事故罪：
- 若建设单位违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的，对直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；后果特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
新闻背景关联：
- 在登月项目这样的国家重点工程中，任何安全事故都可能引发严重的社会影响和政治后果。因此，若因建设单位的违规操作导致重大安全事故的发生，相关责任人员将面临严厉的刑事处罚。
四、对建设单位的建议
严格遵守法律法规：
- 建设单位应严格遵守国家关于建设工程管理的相关法律法规，确保工程的合法性和合规性。
加强质量管理：
- 建设单位应建立健全质量管理体系，加强对工程质量的监督和检查，确保工程质量符合设计要求和相关标准。
强化安全意识：
- 建设单位应加强对施工人员的安全教育和培训，提高施工人员的安全意识和操作技能，确保施工过程中的安全。
及时应对法律风险：
- 若建设单位在建设过程中遇到法律纠纷或诉讼，应及时咨询专业律师，制定合理的应对策略，降低法律风险和经济损失。
总结：中国登月2座总装厂房的基本完成是国家航天事业的重要里程碑。然而，若相关建设单位在建设过程中违规操作，可能需承担行政责任、民事责任甚至刑事责任。因此，建设单位应严格遵守法律法规，加强质量管理和安全意识，及时应对法律风险，确保工程的顺利进行和国家利益的保障。若您有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。