结论：在工厂上班急辞工，6000元工资的扣除合法性取决于是否给用人单位造成了实际经济损失，以及用人单位是否有合法且合理的扣工资依据。具体来说，合法扣除的金额需遵循一定限制，且必须基于合理的理由和合法的程序。
一、合法扣工资的情形及计算
造成经济损失的赔偿：
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求赔偿，并从工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 计算示例：假设当地月最低工资标准为2000元，6000元工资的20%为1200元。若用人单位证明因急辞工造成了经济损失，且要求扣除的金额不超过1200元，同时扣除后剩余工资不低于2000元，则这种扣除是合法的。
- 计算公式：合法扣除金额 = min(经济损失金额, 工资的20%, 工资 - 最低工资标准)
- 具体数值：在此示例中，合法扣除金额不超过1200元，且需确保扣除后工资不低于2000元。
有合法规章制度的依据：
- 法律依据：若用人单位的规章制度明确规定急辞职需扣工资，且该规定不违反法律法规及公序良俗，并已向劳动者公示或告知，则在符合规定的情形下扣工资可能是合法的。
- 实际情况：这种情况下，扣除的金额和条件应严格遵循规章制度的规定。若规章制度规定急辞工需扣除一定比例的工资（如10%），则用人单位应按此比例扣除，且需确保扣除后的工资不低于最低工资标准。
二、不合法扣工资的情形
无合法依据或规定不合理：
- 若用人单位未事先规定或规定不合理（如规章制度未经公示、内容违法等），则扣工资行为通常不合法。
- 若急辞职是因用人单位存在过错（如未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险等）导致劳动者被迫离职，此时扣工资也不合法。
未造成经济损失：
- 若劳动者的急辞职行为并未给用人单位造成实际经济损失，或者用人单位无法证明有经济损失，则无权擅自扣除劳动者工资。
三、劳动者的权益保护
- 协商与投诉：若遭遇不合理扣工资，劳动者应首先与用人单位协商解决。若协商无果，可向当地劳动保障监察机构投诉举报，以维护自己的合法权益。
- 申请仲裁与诉讼：如协商和投诉均未能解决问题，劳动者可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在一定条件下，劳动者还可直接向法院提起诉讼，要求用人单位支付被克扣的工资及相应的经济补偿。
建议：在急辞职时，劳动者应尽量履行告知义务，并与用人单位协商处理好相关事宜，以避免不必要的纠纷。同时，用人单位也应依法行事，不得随意克扣劳动者工资。如遇争议，双方应首先尝试协商解决；协商不成时，劳动者可通过法律途径维护自己的合法权益。若您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。