公司的章全部由法人管理，股东在特定情况下是可以保管的，但这并非绝对，需视具体情况和公司章程或股东协议的约定而定。以下是对此问题的详细分析：

一、公司章程或股东协议的约定

1. 公司自治原则：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司享有高度的自治权，包括公司内部的管理和运营方式。因此，公司章程或股东协议可以就公司印章的保管和使用作出具体规定。
2. 约定优先：如果公司章程或股东协议中明确规定了公司印章的保管方式，如由特定股东保管或由法人代表保管，那么应优先遵循这些约定。这意味着，如果章程或协议中允许股东保管印章，那么股东在符合约定条件的情况下是可以保管的。

二、印章保管的常规做法

1. 法人代表保管：在许多公司中，为了确保印章的安全和有效使用，通常会由法人代表或其授权的人员负责保管印章。这是因为法人代表作为公司的法律代表，对公司的运营和管理负有直接责任。
2. 股东保管的例外：然而，这并不意味着股东不能保管印章。在某些情况下，如股东对公司有重大贡献、股东之间存在特殊信任关系或公司章程有特别规定时，股东也可能被授权保管印章。但这种情况通常需要明确的约定或授权。

三、印章保管的法律后果

1. 保管责任：无论印章由谁保管，保管人都应承担妥善保管的责任。如果因保管不善导致印章丢失、被盗用或滥用，保管人可能需要承担相应的法律责任。
2. 使用权限：印章的使用应符合公司章程和法律法规的规定。保管人不得擅自使用印章进行违法活动或损害公司利益的行为。否则，将可能面临法律制裁和公司的索赔。

四、建议与措施

1. 明确约定：为了避免因印章保管问题引发的纠纷，建议公司在章程或股东协议中明确规定印章的保管方式和使用权限。这有助于确保公司运营的规范性和安全性。
2. 加强监管：无论印章由谁保管，公司都应加强对印章使用的监管。可以建立印章使用登记制度，要求每次使用印章都进行登记并留下相关记录。这有助于追溯印章的使用情况并防止滥用。

总结来说，公司的章全部由法人管理并非绝对，股东在特定情况下是可以保管的，但需视公司章程或股东协议的约定以及公司的实际情况而定。为了避免纠纷和确保公司运营的安全性，建议公司明确约定印章的保管方式和使用权限，并加强监管。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。