结论：与老板协商后用自己的收款码收款是否合法，不能一概而论，需结合具体情形判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
明确授权与合法用途
- 若老板明确授权你使用个人收款码收款，且收款用途合法（如代收公司货款、服务费等），且款项最终会纳入公司财务体系（如通过转账、报销等方式归集至公司账户），这种行为通常不违法。
- 法律依据：根据《民法典》第一百六十一条，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。若老板授权你代为收款，你作为代理人实施的行为，法律效果直接归属于被代理人（即公司或老板）。
临时性、辅助性收款
- 若因公司财务系统故障、临时性资金周转需求等，老板要求你使用个人收款码收款，且款项及时转交公司，未造成公司财产损失或税务风险，这种行为一般不构成违法。
- 风险提示：需保留老板授权的证据（如聊天记录、书面通知等），以及款项转交公司的凭证（如转账记录、收据等），以证明行为合法性。
二、违法情形
私自截留款项
- 若你未经老板同意，擅自使用个人收款码收款，并将款项据为己有或挪作他用，可能构成职务侵占或挪用资金。
- 法律依据：根据《刑法》第二百七十一条，公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪；根据《刑法》第二百七十二条，挪用本单位资金归个人使用或借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，构成挪用资金罪。
逃避税务监管
- 若老板要求你使用个人收款码收款，目的是逃避公司税务申报或偷逃税款，这种行为可能构成共同违法。
- 法律依据：根据《税收征收管理法》第六十三条，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或在账簿上多列支出或不列、少列收入，或经税务机关通知申报而拒不申报或进行虚假的纳税申报，不缴或少缴应纳税款的，是偷税行为。若你协助老板实施上述行为，可能面临行政处罚或刑事责任。
违反公司财务制度
- 若公司有明确的财务制度禁止员工使用个人收款码收款，你仍擅自使用，可能违反公司内部规定，面临纪律处分或民事赔偿。
- 风险提示：即使老板同意你使用个人收款码收款，若违反公司财务制度，仍可能因内部管理规定承担责任。
三、建议
- 明确授权与用途：若需使用个人收款码收款，务必取得老板明确授权，并确认收款用途合法。
- 及时转交款项：收款后应及时将款项转交公司，避免截留或挪用。
- 保留证据：保留老板授权的证据、款项转交凭证等，以证明行为合法性。
- 遵守税务与财务规定：确保收款行为符合税务申报和公司财务制度要求，避免违法风险。
总结：与老板协商后用自己的收款码收款是否合法，需结合授权情况、款项用途、是否转交公司等因素综合判断。若存在疑问或风险，建议直接向我咨询，我会结合具体情形为你提供专业法律意见。