抵押贷款中先扣保证金的行为是否合法，需分情况讨论，具体如下：
若贷款合同中有明确约定保证金条款，且该条款不违反法律强制性规定：
- 在这种情况下，银行或贷款机构在发放贷款时先扣除保证金，通常是基于双方自愿达成的合同条款。只要该条款不违反《民法典》中关于合同效力的强制性规定（如不违反公平原则、不损害国家或社会公共利益等），那么这种先扣保证金的行为是合法的。
- 保证金的作用通常是为了确保借款人能够按时还款，降低贷款风险。因此，在合同有明确约定且合法合规的前提下，先扣保证金可以视为一种风险防控措施。
若贷款合同中没有明确约定保证金条款，或约定不明确，或保证金条款违反法律强制性规定：
- 如果贷款合同中没有关于保证金的明确约定，或者约定不明确导致双方对保证金的理解存在争议，那么银行或贷款机构在发放贷款时先扣除保证金就可能缺乏合法依据。
- 此外，如果保证金条款违反了法律的强制性规定，比如通过设定不合理的保证金比例来变相提高贷款利率，或者将保证金用于非法用途等，那么这种先扣保证金的行为就是违法的。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，合同的内容应当符合法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。因此，在签订贷款合同时，双方应当明确约定保证金的相关条款，并确保这些条款合法合规。
- 建议：对于借款人而言，在签订贷款合同前，应当仔细阅读合同条款，特别是关于保证金的部分。如果合同中有保证金条款，要确保自己理解并同意该条款的内容。如果对条款有疑问或不满，应当及时与银行或贷款机构沟通协商，必要时可以寻求法律帮助。同时，借款人也应当保留好相关证据，如合同文本、转账记录等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果银行或贷款机构先扣保证金的行为被认定为违法，那么借款人有权要求银行或贷款机构返还被扣除的保证金，并可能要求赔偿因此造成的损失。
- 在极端情况下，如果银行或贷款机构的行为构成欺诈或违法行为，还可能面临行政处罚或刑事责任。
总结与进一步思考：
抵押贷款中先扣保证金的行为是否合法，关键在于贷款合同中是否有明确约定且该约定是否合法合规。因此，在签订贷款合同时，双方应当谨慎对待保证金条款，确保合同的合法性和有效性。如果您在签订或履行贷款合同过程中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。