交通肇事罪不予起诉不会留下案底。

具体来说，如果人民检察院对交通肇事罪作出不予起诉的决定，就意味着犯罪嫌疑人是不构成犯罪的，是无罪的。在这种情况下，案件不会到法院，也就不会有刑事判决，因此不会留下案底。

不予起诉决定通常基于以下情况：一是犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或者具有法定其他不应追究刑事责任的情形；二是犯罪情节显著轻微，依照刑法不需要判处刑罚或者免除刑罚；三是对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件。在这些情形下，人民检察院可以作出不起诉决定。

综上所述，交通肇事罪如果不予起诉，就不会留下案底。如果对此有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。