交通事故案件不起诉是否会留下案底，这主要取决于不起诉的具体类型和案件的具体情况。以下是对这一问题的详细分析：
法定不起诉（绝对不起诉）：
- 情形：当交通肇事行为存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪，或者犯罪已过追诉时效期限，或者经特赦令免除刑罚，或者依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉，或者犯罪嫌疑人、被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形时，检察院会作出法定不起诉决定。
- 结果：由于这些情形下行为本身不被认定为犯罪，因此不会留下案底。
酌定不起诉（相对不起诉）：
- 情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若肇事行为虽然构成犯罪但情节轻微，如肇事后果较轻、积极赔偿被害人并取得谅解、有自首立功等情节，检察院可能会酌定不起诉。
- 结果：尽管行为在事实上构成了犯罪，但由于情节轻微且检察院从刑事政策和司法效益等方面考虑作出不起诉决定，在司法实践中，这种情况通常也不会留下案底，但需注意，不同地区和具体案件处理中可能存在细微差异，理论上存在被记录的可能性，不过极为罕见。
存疑不起诉（证据不足不起诉）：
- 情形：根据《刑事诉讼法》的规定，对于补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院应当作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若证据无法达到确实、充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人的行为构成交通肇事罪，则检察院会存疑不起诉。
- 结果：由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下案底。但若后续发现新证据符合起诉条件并提起公诉，最终被判定有罪，则会留下案底。
额外说明与建议：
- 无论何种不起诉类型，交通肇事案件中的肇事者均需对受害方承担民事赔偿责任，包括但不限于医疗费用、误工费以及可能的精神损害抚慰金等。
- 不起诉决定并不意味着肇事者完全摆脱了法律责任。除了民事赔偿责任外，如果肇事者的行为违反了交通管理法规，还可能面临行政处罚，如罚款、吊销驾驶证等。
- 在处理交通肇事案件时，建议肇事者积极与受害方沟通协商，尽量通过和解或调解的方式解决争议。如果无法达成一致，可以通过法律途径寻求解决方案，但应确保自己的行为不违反法律法规，避免产生不必要的法律责任和后果。
综上所述，交通事故案件不起诉是否会留下案底，需根据具体的不起诉类型和案件情况来判断。如果您或您身边的人遇到了交通肇事案件相关的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。