法院在特定情况下会主动审查仲裁条款的约定是否合法，这主要取决于案件的具体情况和法院的审查权限。以下从几个角度详细分析：

1. 法院主动审查仲裁条款合法性的情形：

   • 案件受理阶段：当一方当事人向法院提起诉讼，而另一方当事人以存在有效仲裁条款为由提出管辖权异议时，法院需要对仲裁条款的合法性进行审查。这是法院在决定是否受理案件前必须进行的程序性审查，以确保案件不属于法院的管辖范围，而是应由仲裁机构处理。
   • 仲裁协议效力确认之诉：在某些情况下，当事人可能直接向法院提起诉讼，请求确认仲裁协议的效力。此时，法院会主动审查仲裁条款的合法性，包括仲裁条款是否成立、是否有效、是否具有可执行性等。
   • 涉及公共利益或第三方权益：如果仲裁条款涉及公共利益或第三方权益，法院在审查相关案件时，可能会主动对仲裁条款的合法性进行审查，以确保仲裁不会损害公共利益或第三方权益。

2. 法院审查仲裁条款合法性的依据：

   • 法律规定：法院审查仲裁条款合法性的主要依据是相关法律法规，如《中华人民共和国仲裁法》等。这些法律法规规定了仲裁条款的成立要件、有效条件以及无效情形等，为法院审查提供了明确的法律依据。
   • 仲裁规则：除了法律法规外，仲裁规则也是法院审查仲裁条款合法性的重要依据。仲裁规则通常规定了仲裁程序的启动、进行和终结等各个环节的具体要求，法院在审查仲裁条款时，会参考这些规则以确保仲裁程序的合法性和公正性。

3. 法院审查仲裁条款合法性的后果：

   • 确认仲裁条款有效：如果法院审查后认为仲裁条款合法有效，且符合仲裁协议的要件，那么法院将驳回当事人的起诉或管辖权异议，并告知当事人应向仲裁机构申请仲裁。
   • 确认仲裁条款无效：如果法院审查后认为仲裁条款存在无效情形，如违反法律法规的强制性规定、损害公共利益或第三方权益等，那么法院将认定仲裁条款无效，并继续对案件进行审理或作出相应裁决。

4. 实务建议：

   • 在签订仲裁条款时，应确保条款内容明确、具体，并符合相关法律法规和仲裁规则的要求。这样可以减少因仲裁条款不明确或违法而引发的争议和纠纷。
   • 如果当事人对仲裁条款的合法性存在争议，应及时向法院提起诉讼或申请确认仲裁协议的效力。通过法律程序解决争议，可以确保当事人的合法权益得到有效保障。

总结来说，法院在特定情况下会主动审查仲裁条款的约定是否合法，这主要取决于案件的具体情况和法院的审查权限。当事人在签订仲裁条款时，应确保条款内容合法有效，并在发生争议时及时寻求法律途径解决。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。