结论：公司买卖转让协议签订后，即使钱没有到对方账户，且没有约定钱转到第三人账户，该合同在一般情况下仍然是有效的。不过，具体是否有效还需结合合同内容、履行情况以及是否存在其他违法情形等因素综合判断。
分析说明：
合同效力与款项支付的关系：
- 合同的效力主要取决于合同双方的意思表示是否真实、合法，以及合同内容是否违反法律、行政法规的强制性规定。款项的支付，虽然是合同履行的一部分，但并不直接决定合同的效力。
- 在公司买卖转让协议中，即使买方未按照约定将款项支付到卖方指定的账户，这并不构成合同无效的理由。除非合同中明确约定了款项支付方式作为合同生效的条件，或者买方未支付款项的行为构成了根本违约，导致合同目的无法实现。
未约定款项转到第三人账户的影响：
- 如果合同中没有明确约定款项需要转到第三人账户，那么买方将款项支付到卖方账户或其他合法账户，均应视为履行了付款义务。
- 若买方擅自将款项支付到第三人账户，且未得到卖方的同意或授权，这可能构成违约行为。但这种违约行为并不直接导致合同无效，而是可能引发违约责任或损害赔偿等法律后果。
合同有效的其他条件：
- 除了上述因素外，合同的有效还取决于双方是否具备相应的民事行为能力、合同内容是否明确且可履行、是否存在欺诈、胁迫等情形。
- 如果合同内容合法、双方意思表示真实且具备履行能力，那么即使款项未按时支付到对方账户，合同仍然有效。
法律建议：
- 对于卖方：如果买方未按照约定支付款项，卖方可以首先与买方进行沟通协商，要求买方履行付款义务。如果协商无果，卖方可以依据合同约定或相关法律规定，向买方主张违约责任或损害赔偿。
- 对于买方：如果确实存在支付困难或特殊情况，买方应及时与卖方沟通并说明情况，寻求解决方案。避免擅自改变付款方式或拖延付款时间，以免引发不必要的法律纠纷。
可能后果：
- 如果买方未按照约定支付款项且构成违约，卖方有权要求买方继续履行付款义务、支付违约金或赔偿损失等。
- 在极端情况下，如果买方的违约行为导致合同目的无法实现，卖方还有权解除合同并要求买方承担相应的法律责任。
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