法院判决房屋补偿决定程序违法，并不等同于该判决本身违法，而是指房屋补偿决定在作出过程中存在程序上的瑕疵或违法行为，法院对此进行了认定。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、程序违法的含义

程序违法，指的是在行政行为或司法行为中，未按照法定程序进行，或者违反了法定程序的要求。在房屋补偿决定中，程序违法可能涉及评估不公正、侵犯知情权、参与权和申辩权、补偿决定主体和时间不符合规定、缺乏有效拆迁许可证书、安置通知不到位或未进行社会稳定风险评估等多种情形。

二、法院判决程序违法的意义

当法院判决房屋补偿决定程序违法时，这意味着法院认为该补偿决定在作出过程中存在上述程序上的瑕疵或违法行为，从而影响了其合法性和公正性。这种判决是对行政行为合法性的一种审查和监督，旨在保护被征收人的合法权益，维护法律的尊严和权威。

三、程序违法判决的法律后果

1. 撤销或变更补偿决定：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，如果法院认定房屋补偿决定程序违法，可能会判决撤销或变更该补偿决定。这意味着被征收人有可能获得更合理的补偿和安置。
2. 申请国家赔偿：如果因拆迁程序违法给被征收人造成财产损失的，被征收人有权依据《中华人民共和国国家赔偿法》向责任机构申请国家赔偿。
3. 影响拆迁项目合法性和进度：一旦房屋补偿决定被认定程序违法，整个拆迁项目可能面临暂停或重新进行的风险，拆迁方需重新按法定程序操作，这无疑会增加成本和时间。

四、被征收人的应对措施

1. 及时收集证据：被征收人应收集与拆迁相关的各种证据，如征收公告、补偿方案、评估报告、沟通记录等，为后续维权提供有力支持。
2. 申请行政复议或提起行政诉讼：如果被征收人对房屋补偿决定不服，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销违法的拆迁补偿决定。
3. 要求信息公开：被征收人可以通过申请信息公开，获取土地征收相关的文件、资料，以验证征收程序的合法性及补偿标准的合理性。这些信息可以作为后续申请行政复议或提起行政诉讼的重要依据。

五、具体案例分析

假设某市在进行拆迁时，未按照法定程序进行评估，导致被征收人的房屋价值被低估。被征收人对此不服，向法院提起诉讼。法院经审理认为，该拆迁补偿决定在评估环节存在程序违法，因此判决撤销该补偿决定，并要求拆迁方重新进行评估并作出合理的补偿决定。这个案例就充分说明了法院判决房屋补偿决定程序违法并不等同于判决本身违法，而是对行政行为合法性的一种审查和监督。

总结来说，法院判决房屋补偿决定程序违法是对行政行为合法性的一种审查和监督，旨在保护被征收人的合法权益。被征收人在面对这种情况时，应积极收集证据，通过法律途径维护自己的权益。如果您在房屋拆迁过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。