您好，关于您提出的“医保系统升级不能报销是否合法”的问题，这需要从多个方面来详细解释。

首先，医保系统升级是为了提供更加稳定优质的医保服务，这是国家医疗保障局为了提升服务质量和效率而进行的必要操作。在升级期间，为了确保数据的安全和系统的稳定，通常会暂停医保相关业务的申请、办理及查询，这是合理的且必要的措施。

从合法性的角度来看，医保系统升级导致的报销暂停并不直接违反法律法规。因为升级是为了更好地服务广大参保人员，提升医保系统的整体性能和稳定性。在升级期间，虽然报销业务可能暂时无法办理，但相关机构通常会提前发布公告，告知参保人员停机时间和暂停的业务范围，以便大家提前做好准备。

然而，对于因系统升级而导致的报销问题，如您提到的“去年系统升级，医疗费用一分不给报”的情况，这实际上涉及到的是具体报销政策和项目的问题，而非系统升级本身的合法性。根据医保政策，只有符合基本医疗保险规定的药品、医用耗材和医疗服务项目才能由统筹基金进行支付。如果某项医疗服务项目或药品不在医保支付范围内，那么即使系统没有升级，也无法进行报销。

以您提到的“TOMO放射治疗（螺旋断层放射治疗）”为例，如果该治疗项目被明确列为基本医疗保险规定的不予支付类医疗服务项目，那么无论系统是否升级，都无法由基本医疗保险基金进行支付。这是由医保政策决定的，而非系统升级导致的。

因此，对于医保系统升级不能报销的问题，我们需要区分是系统升级导致的暂时性无法办理，还是由于报销政策或项目本身不符合医保支付范围而导致的无法报销。如果是前者，那么这是合理的且必要的措施；如果是后者，那么需要您了解并接受医保政策的规定。

最后，我建议您在遇到类似问题时，首先查看相关机构发布的公告或通知，了解停机时间和暂停的业务范围；同时，也可以咨询当地医保局或相关机构，了解具体的报销政策和项目范围，以便更好地维护自己的权益。希望这些解释能对您有所帮助。