工程挂靠协议因违反法律强制性规定，通常会被认定为无效。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 违反强制性规定无效：根据《民法典》第一百五十三条第一款，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。工程挂靠行为违背了建筑行业相关法规，因此所签协议可能因此被判定无效。
- 虚假意思表示无效：依据《民法典》第一百四十六条，行为人与相对人以虚假意思表示实施的民事法律行为无效。挂靠协议往往以合法形式掩盖非法目的，即挂靠方通过看似合法的协议隐藏其非法承揽工程的意图，这种情况同样可能导致协议无效。
《中华人民共和国建筑法》的明确规定：
- 资质要求与禁止挂靠：《建筑法》第二十六条严格规定，承包建筑工程需持有合法资质证书，并在许可范围内承揽工程。同时明确禁止任何形式的挂靠行为，即不允许其他单位或个人使用本企业资质证书、营业执照承揽工程。工程挂靠协议本质上违反了这一强制性规定。
司法解释的进一步明确：
- 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》：该解释第一条第二款直接指出，没有资质的实际施工人借用有资质建筑施工企业名义签订的建设工程施工合同无效。此规定直接针对工程挂靠行为，明确了挂靠协议及因挂靠而签订的施工合同的无效性。
二、原因分析
- 违反建筑市场准入制度：挂靠行为破坏了建筑市场的公平竞争秩序，让不具备相应资质和能力的主体进入市场，增加了市场风险。
- 工程质量与安全风险：实际施工人往往缺乏必要的施工能力和管理经验，可能导致工程质量下降，甚至引发安全事故，严重威胁公共安全。
三、合同无效的法律后果
工程款结算：
- 若建设工程经验收合格，可参照合同约定折价补偿承包人。
- 若验收不合格，需根据修复情况处理，包括承担修复费用或无权请求折价补偿，并可能因过错承担相应责任。
收缴非法所得：法院有权收缴被挂靠企业收取的管理费等非法所得。
赔偿损失：因合同无效给发包人或第三方造成的损失，挂靠人和被挂靠人应根据各自过错程度承担相应的赔偿责任。
法律责任风险：
- 实际施工人可能面临因工程质量问题而产生的赔偿责任。
- 被挂靠企业可能遭受行政处罚，甚至因出借资质而承担连带责任。
四、建议与展望
为避免挂靠合同带来的法律风险和经济损失，各方当事人在签订建设工程施工合同时应严格遵守相关法律法规，确保合同的合法性和有效性。同时，建议加强市场监管，加大对挂靠行为的打击力度，维护建筑市场的公平竞争秩序和公共安全。在实际操作中遇到相关问题或纠纷时，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助和解决方案。