员工自愿离职和双方协商离职对公司的影响主要体现在经济成本、法律风险及管理效率三个方面，具体分析如下：
一、经济成本
自愿离职：
- 经济补偿：根据《劳动合同法》的相关规定，员工自愿离职（即主动提出解除劳动合同）且非因公司过错（如未提供劳动条件、未及时支付劳动报酬等）的，公司通常无需支付经济补偿。这有助于公司节省一笔不小的开支，尤其是在员工薪资较高或公司面临经济压力时。
- 招聘与培训成本：员工离职后，公司需要投入时间和资源进行新员工的招聘和培训，这会产生一定的成本。然而，与因公司过错导致的员工离职相比，自愿离职可能使公司有更充足的时间进行人员规划和招聘准备，从而在一定程度上降低这些成本。
双方协商离职：
- 经济补偿协商：在双方协商离职的情况下，公司可能需要与员工就经济补偿进行协商。根据协商结果，公司可能需要支付一定数额的经济补偿，这取决于员工的薪资水平、工作年限以及公司的财务状况等因素。虽然这会增加公司的经济负担，但相比因违法解除劳动合同而支付的高额赔偿金，协商离职的经济成本通常更低。
- 避免潜在损失：通过协商离职，公司可以避免与员工发生法律纠纷，从而避免因法律纠纷而产生的额外费用（如律师费、诉讼费等）以及可能的声誉损失。
二、法律风险
自愿离职：
- 法律风险较低：员工自愿离职通常不会引发法律纠纷，因为员工是主动提出解除劳动合同的。公司只需确保员工离职手续合法合规（如办理离职证明、社保转移等），即可避免法律风险。
双方协商离职：
- 协商过程需合法：在双方协商离职的过程中，公司必须确保协商过程合法合规，不得存在欺诈、胁迫等违法行为。否则，员工有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求公司承担法律责任。
- 协议内容需明确：双方协商离职时，应签订书面协议，明确离职时间、经济补偿、保密义务等关键条款。这有助于避免未来因协议内容不明确而产生的法律纠纷。
三、管理效率
自愿离职：
- 管理效率可能受影响：员工自愿离职可能突然发生，导致公司短期内难以找到合适的替代人员，从而影响工作效率。然而，如果公司有完善的人员储备和招聘计划，这种影响可以得到一定程度的缓解。
双方协商离职：
- 管理效率提升：通过双方协商离职，公司可以与员工就离职时间、工作交接等事项进行充分沟通，确保离职过程有序进行。这有助于减少因员工离职而导致的业务中断和混乱，提升管理效率。
- 维护良好关系：协商离职有助于维护公司与员工之间的良好关系，避免因离职而产生的负面情绪和冲突。这有助于提升公司的形象和声誉，为未来的招聘和合作创造有利条件。
总结来看，员工自愿离职和双方协商离职对公司的影响各有利弊。自愿离职可以节省经济补偿成本，但可能影响管理效率；双方协商离职虽然可能增加一定的经济成本，但有助于降低法律风险并提升管理效率。因此，公司在处理员工离职问题时，应根据具体情况选择合适的离职方式，并确保离职过程合法合规、有序进行。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。